结论：在公司已离职再次入职被倒扣工资是否合法，主要取决于倒扣工资的理由和方式是否符合法律法规。一般情况下，公司无故倒扣工资是违法的；但在特定情况下，如存在合法有效的约定或员工给公司造成经济损失等，公司可能依法扣除相应款项。
一、不合法的情况
随意倒扣工资：
- 根据《工资支付暂行规定》及《中华人民共和国劳动法》，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这里的“无故”指的是没有合法依据和法律规定。
- 如果公司仅仅因为员工再次入职就倒扣工资，没有合理依据和法律规定，这种做法是违法的。例如，员工按照正常流程再次入职，公司却无故扣除员工当月工资的一定比例，这侵犯了员工获得劳动报酬的权利。
违法设定违约金或罚款：
- 根据《劳动合同法》，除两种法定情形外（即用人单位提供专项培训并约定服务期、保密及竞业限制），用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。同时，公司也不得随意设定罚款制度来扣除员工工资。
- 如果公司在不符合上述法定情形下，因员工再次入职而倒扣工资作为违约金或罚款，是不合法的。
二、合法的情况
员工违反合法有效的约定：
- 如果员工在再次入职时，与公司签订了合法有效的协议，如服务期协议、保密协议等，并约定了相应的违约责任。当员工违反这些约定时，公司有权按照协议约定扣除相应款项。但需要注意的是，违约金的数额不得超过法定标准，且扣除方式需符合法律法规。
员工给公司造成经济损失：
- 如果员工在再次入职后，因故意或重大过失给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿可从员工工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
公司有明确的规章制度且符合法律法规：
- 如果公司有经过民主程序制定并向员工公示的明确规章制度，规定在员工再次入职时可扣除一定款项（如培训费、工装费等），且扣除方式符合法律法规，那么这种扣除可能是合法的。但同样需要注意的是，扣除的款项和方式必须合法合规，不得侵犯员工的合法权益。
三、员工权益保护
- 如果公司无正当理由倒扣了员工的工资，员工可以通过以下途径维护自己的权益：
- 首先尝试与公司协商解决，要求返还被扣款项。
- 向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门调查并处理。
- 如果问题仍未解决，员工可以申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，要求公司支付被扣除的工资及相应的赔偿。
建议：作为员工，在再次入职前应仔细阅读并理解公司的规章制度和劳动合同条款，确保自己的权益不受侵犯。如果遇到公司无故倒扣工资的情况，应及时与公司沟通并寻求法律援助。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。