通勤车非法营运的处罚主要依据《中华人民共和国道路运输条例》等相关法律法规，具体处罚措施会根据违法情节的严重程度有所不同，主要包括罚款、没收违法所得、扣押车辆等。以下是详细分析：

1. 罚款：

   • 根据《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条，未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，由县级以上地方人民政府交通运输主管部门责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款。
   • 对于通勤车非法营运，如果被认定为未经许可擅自从事道路旅客运输经营，将面临上述罚款处罚。罚款的具体数额会根据违法所得的多少或是否存在违法所得来确定。

2. 没收违法所得：

   • 如果通勤车非法营运过程中有违法所得，交通运输主管部门将依法没收这些违法所得。违法所得是指通过非法营运活动获得的全部收入，包括车费、广告费等。

3. 扣押车辆：

   • 在查处通勤车非法营运时，交通运输主管部门有权扣押用于非法营运的车辆。扣押车辆是一种行政强制措施，旨在防止违法行为的继续发生，并确保后续处罚的执行。
   • 扣押车辆的期限一般不超过30日，特殊情况下可以延长，但延长的期限不得超过30日。在扣押期间，车辆将被妥善保管，不得使用或损毁。

4. 其他可能的处罚：

   • 如果通勤车非法营运行为构成犯罪，如危险驾驶罪、非法经营罪等，还将依法追究刑事责任。
   • 此外，如果非法营运的通勤车存在安全隐患或发生交通事故，还可能面临更严重的法律后果，如吊销驾驶证、承担民事赔偿责任等。

行动建议：

• 如果您是通勤车的车主或驾驶员，务必确保车辆具备合法的营运资质，遵守相关法律法规，避免非法营运行为。
• 如果您发现有人从事通勤车非法营运活动，可以向当地交通运输主管部门举报，共同维护道路运输市场的秩序和安全。
• 如果您因通勤车非法营运行为受到损害，如发生交通事故或遭受经济损失，可以依法向相关部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。