核心结论：土地合同到期后，若已盖厂房且更改了土地性质，需根据土地性质变更的合法性、合同约定及法律规定，分情况采取补救措施或承担相应责任。以下是具体分析：

1. 土地性质变更的合法性审查

• 合法变更：若土地性质变更已依法完成审批（如通过规划、国土部门变更登记），且符合土地利用总体规划和城乡规划，则需重点审查合同到期后的处理方式：
  • 合同有续期约定：按合同约定执行，如支付续期费用、重新签订合同等；
  • 合同无续期约定：根据《民法典》第359条，住宅建设用地使用权自动续期，非住宅建设用地使用权需协商续期或返还土地。若厂房属于非住宅用地，需与土地所有权人（如村集体、政府）协商续期，或按约定拆除厂房、恢复土地原状。
• 非法变更：若土地性质变更未履行审批程序（如擅自将农用地转为建设用地），则可能涉及违法用地，需承担以下后果：
  • 行政责任：由自然资源主管部门责令限期改正、没收违法所得，并处罚款（《土地管理法》第77条）；
  • 民事责任：若合同因违法变更被认定无效，需返还土地、赔偿损失（《民法典》第157条）；
  • 刑事责任：若构成非法占用农用地罪，可能面临刑事处罚（《刑法》第342条）。

2. 合同到期后的处理路径

• 协商续期：若土地性质变更合法，可与土地所有权人协商续期，明确续期期限、费用及权利义务。需注意：
  • 续期需符合土地利用规划，且不得损害公共利益；
  • 若土地为集体经营性建设用地，可依法通过出让、出租等方式入市（《土地管理法》第63条）。
• 终止合同：若无法续期或选择不续期，需按合同约定或法律规定处理：
  • 拆除厂房：若合同约定到期需无偿拆除，或土地性质变更违法导致合同无效，可能需自行拆除并恢复土地原状；
  • 补偿协商：若厂房具有合法建设手续且土地性质变更合法，可与土地所有权人协商补偿方案（如厂房残值、搬迁费用等）。
• 行政救济：若认为行政机关对土地性质变更的审批或处罚决定违法，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

3. 风险防范建议

• 核查土地权属与规划：在签订合同前，确认土地所有权人、用途及规划条件，避免因信息不对称导致违法风险；
• 完善变更手续：若需变更土地性质，应依法申请规划调整、用地审批及不动产登记，确保程序合法；
• 明确合同条款：在合同中约定土地性质变更的处理方式、续期条件及违约责任，降低争议风险；
• 及时咨询专业律师：若涉及复杂法律问题（如集体土地入市、违法用地处罚等），建议委托律师介入，制定合规方案。

提示：土地法律问题涉及地方性法规和政策，具体操作需结合当地规定。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合您的具体情况提供详细解答。