结论：工伤故意伤害是否可以申请法院立案，需根据具体情况判断。若涉及用人单位或第三人的故意伤害行为，且符合刑事立案标准，则可以向公安机关报案，由公安机关决定是否立案；若涉及工伤赔偿争议，则通常通过劳动仲裁或民事诉讼途径解决，而非直接申请法院刑事立案。以下从不同角度详细分析：
一、工伤故意伤害与刑事立案的关系
故意伤害行为的性质：
- 若工伤事故是由用人单位或第三人的故意伤害行为导致的，如故意殴打、伤害等，且该行为符合《中华人民共和国刑法》中关于故意伤害罪的构成要件（如造成轻伤以上后果），则该行为可能构成刑事犯罪。
刑事立案的途径：
- 在此情况下，受害者或其家属应向公安机关报案，由公安机关进行调查取证，并根据调查结果决定是否立案。若公安机关认为符合刑事立案标准，将依法立案侦查，并可能将案件移送检察机关审查起诉。
工伤认定与刑事立案的独立性：
- 工伤认定是劳动行政部门依据《工伤保险条例》对职工因工作遭受事故伤害或患职业病进行确认的过程，与刑事立案是两个独立的法律程序。即使工伤事故涉及故意伤害行为，也不影响工伤认定的进行，但可能同时触发刑事立案程序。
二、工伤赔偿争议与民事诉讼的关系
工伤赔偿争议的性质：
- 若工伤事故不涉及故意伤害行为，或虽涉及但未达到刑事立案标准，则受害者与用人单位之间可能就工伤赔偿产生争议。这种争议属于民事纠纷范畴。
民事诉讼的途径：
- 在此情况下，受害者应首先向劳动行政部门申请工伤认定，并根据认定结果向用人单位主张工伤赔偿。若用人单位拒绝赔偿或双方就赔偿金额无法达成一致，受害者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起民事诉讼。
民事诉讼与刑事立案的区别：
- 民事诉讼主要解决的是平等主体之间的财产关系和人身关系纠纷，其目的是通过司法程序确认双方的权利义务关系，并判决违约方承担相应的民事责任。而刑事立案则是对涉嫌犯罪的行为进行侦查和起诉的过程，其目的是惩罚犯罪、保护社会秩序和公共利益。
三、特殊情况下的处理
用人单位或第三人既构成故意伤害又构成工伤的情形：
- 在某些特殊情况下，用人单位或第三人的行为可能同时构成故意伤害和工伤。例如，用人单位因管理不善导致职工在工作过程中遭受他人故意伤害。在此情况下，受害者可以同时主张工伤赔偿和刑事附带民事赔偿。但需要注意的是，刑事附带民事赔偿的范围通常限于因犯罪行为造成的直接物质损失，如医疗费、误工费等。
工伤认定过程中的故意伤害行为调查：
- 在工伤认定过程中，劳动行政部门若发现工伤事故可能涉及故意伤害行为，可以依法将案件移送公安机关处理。但这并不影响工伤认定的正常进行和工伤赔偿的主张。
建议：若您或您身边的人遭遇了工伤故意伤害的情况，建议首先向公安机关报案以追究相关责任人的刑事责任；同时，及时向劳动行政部门申请工伤认定以主张工伤赔偿。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。