针对您提出的“海上销售20万船用燃料油，来源不明，怎么处罚以及由哪个部门处理”的问题，以下是我根据相关法律法规和实际情况给出的详细解答：
一、处罚依据与原则
对于海上销售来源不明的船用燃料油，这一行为主要违反了反走私、税收管理以及市场监管等相关法律法规。处罚的依据通常包括《中华人民共和国海关法》、《中华人民共和国税收征收管理法》以及地方性的反走私综合治理规定等。处罚的原则是依法、公正、公开，确保违法者受到应有的法律制裁。
二、具体处罚措施
没收违法所得：对于销售来源不明的船用燃料油，相关部门有权没收其违法所得，即销售该燃料油所获得的全部收入。
罚款：根据违法情节的严重程度，相关部门可以对违法者处以一定数额的罚款。罚款的数额通常根据违法所得的金额、违法行为的持续时间、对社会的危害程度等因素来确定。
刑事责任追究：如果销售来源不明的船用燃料油行为构成犯罪，如走私罪、非法经营罪等，相关部门将依法将案件移送司法机关，追究违法者的刑事责任。
三、处理部门
海关部门：由于船用燃料油可能涉及进出口环节，海关部门是处理此类案件的重要部门之一。海关有权对进出口货物进行监管，查处走私等违法行为。
海事部门：海事部门负责海上交通安全的监管，对于海上销售来源不明的燃料油行为，海事部门也有权进行调查和处理，特别是当该行为可能危及海上交通安全时。
市场监管部门：市场监管部门负责市场秩序的维护，对于销售来源不明的商品行为，市场监管部门有权进行查处，保护消费者的合法权益。
公安部门：在涉及走私等严重违法行为时，公安部门将介入调查，并依法对违法者进行刑事处罚。
四、实际案例参考
以您提供的嵊泗县公安局协助调查公告为例，该公告中明确指出了私自销售来源不明的进口船用燃料油的行为，并要求相关人员协助案件调查，提供燃料油的合法来源证明。这表明，在处理此类案件时，公安部门会与其他相关部门（如海关、海事等）密切合作，共同打击违法行为。
五、建议与提醒
合法经营：建议相关企业和个人在经营船用燃料油时，务必确保货物的来源合法，遵守相关法律法规，避免涉及走私等违法行为。
及时报备：对于涉及进出口的船用燃料油，应及时向海关等部门报备，确保货物的合法流通。
配合调查：如果相关部门对销售来源不明的船用燃料油行为进行调查，相关企业和个人应积极配合，提供必要的证据和资料。
综上所述，对于海上销售20万船用燃料油来源不明的行为，相关部门将依法进行处罚，并可能涉及多个部门的联合调查。因此，建议相关企业和个人务必遵守法律法规，合法经营。