关于合同中约定的临时设施费是否可以扣除的问题，这主要取决于合同的具体条款以及相关法律法规的规定，以下分情况讨论：
合同有明确约定：
- 如果合同中明确规定了临时设施费的扣除条件、方式及比例，那么双方应当按照合同的约定来执行。这种情况下，临时设施费是否可以扣除，以及扣除的具体数额，都直接受合同条款的约束。
- 示例：假设合同中约定“工程结束后，临时设施费按实际发生额的50%扣除”，那么在工程结束后，就应当按照这一比例来扣除临时设施费。
合同无明确约定或约定不明：
- 如果合同中没有明确规定临时设施费的扣除问题，或者规定不明确，那么就需要依据相关法律法规及行业惯例来判断。
- 一般来说，临时设施费是工程建设中为了施工需要而临时搭建的设施所产生的费用，这些费用在工程结束后通常会被拆除或不再使用。因此，在合同没有明确约定的情况下，临时设施费是否可以扣除可能会引发争议。
- 处理建议：在这种情况下，双方可以协商解决，或者依据《民法典》中关于合同履行、违约责任等的相关规定，通过诉讼或仲裁等方式来解决争议。如果临时设施费被视为工程成本的一部分，且合同没有明确约定其处理方式，那么可能需要根据实际情况和公平原则来判断是否可以扣除以及扣除的比例。
法律法规的特别规定：
- 除了合同约定外，还需要关注相关法律法规对临时设施费扣除问题的特别规定。例如，某些地区或行业可能有特定的规定或标准，对临时设施费的扣除进行规范。
- 处理建议：在处理临时设施费扣除问题时，应当查阅并了解当地或行业的相关法律法规，确保处理方式符合法律要求。
法律背景与建议：
- 在处理合同纠纷时，合同条款是首要依据。因此，在签订合同时，双方应当尽可能明确、详细地约定各项费用（包括临时设施费）的扣除条件、方式及比例，以避免后续争议。
- 如果合同中没有明确约定或约定不明，双方应当积极协商解决，或者寻求法律途径来解决争议。在这个过程中，建议咨询专业律师（比如我，魏杨律师，专注于合同纠纷领域），以获取更具体、更专业的法律建议。
可能法律后果：
- 如果双方无法就临时设施费的扣除问题达成一致，且无法通过协商或法律途径解决争议，那么可能会面临诉讼或仲裁等法律程序。这些程序不仅会耗费双方的时间和精力，还可能对双方的商业关系造成负面影响。因此，建议双方在签订合同时就尽可能明确各项条款，以避免后续争议的发生。
总结：合同中约定的临时设施费是否可以扣除，主要取决于合同的具体条款以及相关法律法规的规定。在处理这类问题时，建议双方首先查阅合同条款，了解相关法律法规，并积极协商解决争议。如有需要，可以向我咨询以获取更专业的法律建议。