结论：病因有涂改并不一定会直接导致先天性缺陷救助金申请被驳回，但可能会影响申请的审核进程和结果，具体需结合涂改的性质、影响以及申请材料的整体情况来判断。以下从多个角度进行分析：
一、涂改的性质与影响
无意涂改：
- 如果涂改是出于无意，如笔误或书写错误，并且能够提供合理的解释和证据（如原始记录、证人证言等）来证明涂改前的真实情况，那么这种涂改可能不会对申请产生太大影响。
- 在这种情况下，建议及时与相关部门沟通，说明涂改的原因，并提供相应的证据来支持自己的申请。
故意涂改：
- 如果涂改是出于故意，如为了掩盖真实情况或伪造证据，那么这种涂改将严重影响申请的诚信度和合法性。
- 故意涂改可能导致申请被直接驳回，并可能面临法律责任，如欺诈、伪造证据等。
二、申请材料的整体情况
其他材料的完整性：
- 除了病因说明外，申请先天性缺陷救助金还需要提供其他相关材料，如家庭经济状况证明、医疗诊断证明等。
- 如果其他材料完整且真实，能够充分证明申请人的资格和需要救助的紧迫性，那么病因说明中的涂改可能不会成为决定性因素。
涂改部分的重要性：
- 如果涂改部分涉及关键信息，如病因的具体描述、诊断时间等，且这些信息对申请的审核至关重要，那么涂改可能会对申请产生较大影响。
- 在这种情况下，建议尽可能提供涂改前的原始记录或相关证据来弥补涂改带来的不利影响。
三、法律建议与行动指南
及时沟通：
- 在发现病因有涂改后，建议及时与相关部门沟通，说明涂改的原因和情况，并提供相应的证据来支持自己的申请。
- 通过积极沟通，可以展示申请人的诚信度和合作态度，有助于增加申请的成功率。
补充材料：
- 如果可能的话，尽量补充其他相关材料来证明自己的资格和需要救助的紧迫性。
- 补充材料可以包括医疗记录、家庭经济状况证明、社会救助记录等，这些材料有助于增强申请的说服力和可信度。
寻求法律帮助：
- 如果对申请流程或材料要求有疑问，或者担心涂改会影响申请结果，建议寻求专业律师的帮助。
- 律师可以提供法律咨询和指导，帮助申请人理解相关法律法规和政策要求，并协助准备和提交申请材料。
进一步思考：在申请先天性缺陷救助金时，除了关注病因说明的涂改问题外，还应全面了解和遵守相关法律法规和政策要求。确保申请材料的真实性和完整性是申请成功的关键。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。