发现涉及侵占非法永久基本农田的情况，应首先根据占用性质与严重程度，选择向自然资源部门、农业农村部门或公安机关举报，并提供充分证据以便调查处理。以下是详细分析：

1. 自然资源部门（县级以上人民政府自然资源主管部门）

   • 主要职责：自然资源部门是土地管理的主要部门，依据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，对土地规划、利用、保护进行管理和监督，有权查处非法占地等违法行为。
   • 适用情况：当发现有人非法侵占永久基本农田，如未经批准在耕地上建设建筑物、构筑物等违反土地利用总体规划的行为时，应向自然资源部门举报。
   • 具体流程：
     • 向当地自然资源局执法监察部门提交书面材料，详细说明非法占地的位置、面积、占地人信息及行为发生时间。
     • 附上相关证据，如照片、视频等，以便自然资源部门进行调查。
     • 也可拨打国土资源部门举报电话12336进行反映。

2. 农业农村部门（县级以上人民政府农业农村主管部门）

   • 主要职责：农业农村部门负责农村土地承包经营及合同管理、农村宅基地改革和管理等工作，对于涉及土地承包经营权、宅基地的非法占地行为有处理职责。
   • 适用情况：虽然农业农村部门主要处理农村宅基地和土地承包经营权相关问题，但在某些情况下，如非法占用永久基本农田且涉及农村土地承包经营权纠纷时，也可向农业农村部门反映。不过，对于直接的非法侵占永久基本农田行为，自然资源部门仍是主要处理部门。
   • 具体流程（若涉及）：
     • 向当地农业农村部门相关科室或执法机构提出申请，说明情况并提供证据。
     • 农业农村部门将根据实际情况进行调查和处理，若涉及非法占地行为，可能会转交自然资源部门处理或联合处理。

3. 公安机关

   • 主要职责：公安机关负责侦查和处理非法占地行为中涉及的犯罪行为，如非法占用农用地罪、非法转让倒卖土地等刑事案件。
   • 适用情况：当非法侵占永久基本农田行为造成严重后果，达到刑事犯罪标准时，如大量耕地被非法占用进行采矿、建厂等活动导致耕地严重破坏，应向公安机关报案。
   • 具体流程：
     • 向当地公安机关经侦部门或派出所报案，提供详细案件线索和证据材料。
     • 公安机关将根据法律规定进行立案侦查并采取相应措施。

维权建议：

• 在处理此类问题时，建议受害者收集并保存好相关证据，如照片、视频等，以便在投诉过程中提供有力证明。
• 保持冷静和理性，通过合法途径进行维权，避免采取过激行为导致不必要的损失。
• 了解相关法律法规和政策，如《中华人民共和国土地管理法》等，以便更好地维护自己的合法权益。

若您发现涉及侵占非法永久基本农田的情况，请根据上述分析选择合适的部门进行举报，并提供充分证据以便调查处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。