针对您提出的“盗窃货款5500元检察院会如何处理”的问题，以下是根据中国法律进行的详细分析：

首先，盗窃货款5500元属于盗窃公私财物数额较大的情形。根据《中华人民共和国刑法》第二百六十四条的规定，盗窃公私财物，数额较大的，将面临三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金的刑事处罚。这一规定明确了盗窃数额较大时的基本量刑范围。

接下来，我们具体分析这一案例：

1. 数额认定：

   • 根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理盗窃刑事案件适用法律若干问题的解释》，盗窃公私财物价值一千元至三千元以上被认定为“数额较大”。因此，盗窃5500元明确达到了这一标准，构成了盗窃罪。

2. 检察院的处理流程：

   • 检察院在接到公安机关移送的案件后，会进行审查起诉。审查内容包括犯罪事实是否清楚、证据是否确实充分、犯罪嫌疑人是否应当承担刑事责任等。
   • 如果检察院认为犯罪嫌疑人的行为构成盗窃罪，且证据充分，将会向法院提起公诉，要求法院对犯罪嫌疑人进行审判。

3. 量刑考虑因素：

   • 在具体量刑时，法院会综合考虑多种因素，包括犯罪嫌疑人的前科记录、是否自首或立功、是否退赃及赔偿受害者损失、是否取得受害者谅解等情节。
   • 如果犯罪嫌疑人具有自首、立功、坦白、初犯、积极退赃退赔、取得被害人谅解等情节，法院在量刑时可能会考虑从轻处罚，如判处拘役、管制，甚至可能适用缓刑，或者单处罚金。
   • 相反，如果存在累犯、造成被害人重大损失、在医院盗窃病人或其亲友财物等恶劣情节，法院将在量刑时从重处罚。

4. 建议：

   • 鉴于此类问题的复杂性和法律后果的严重性，我建议您或您身边的人尽快咨询专业的律师。律师能够更准确地了解案件情况，提供针对性的法律建议，并帮助制定有效的应对策略，以争取最有利的法律结果。

综上所述，盗窃货款5500元属于数额较大的盗窃罪，检察院在审查起诉后，如果认为证据充分，将会向法院提起公诉。法院在量刑时会综合考虑多种因素，以确保量刑的公正性和合理性。因此，我建议您尽快咨询专业律师，以便更好地应对这一问题。