针对您提出的“违法设施农用地在组卷报批中如何处理”的问题，这是一个涉及土地管理和设施农业用地管理规定的复杂议题。以下是我根据相关法律法规和政策，为您提供的详细解答：
一、违法设施农用地的认定
首先，需要明确的是，违法设施农用地通常指的是未经批准或违反设施农业用地管理规定，擅自占用土地进行设施农业建设或改变土地用途的行为。这类行为可能涉及占用耕地、永久基本农田或其他类型的土地，且可能未按照规定的程序进行备案或审批。
二、处理原则
对于违法设施农用地，处理的原则主要包括：
- 依法依规：严格按照《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国城乡规划法》以及相关设施农业用地管理规定进行处理。
- 分类处置：根据违法行为的性质、情节和后果，采取不同的处理措施，如责令整改、罚款、拆除建筑物、没收违法所得等。
- 保护耕地：特别注重对耕地和永久基本农田的保护，防止非法占用和破坏。
三、具体处理措施
在组卷报批过程中，如果发现违法设施农用地，通常可以采取以下措施：
责令整改：
- 要求用地主体立即停止违法行为，恢复土地原状或按照规定进行整改。
- 设定整改期限，并明确整改要求和标准。
罚款：
- 根据违法行为的情节和后果，按照相关法律法规的规定，对用地主体处以罚款。
- 罚款标准通常根据非法占用土地的面积、类型以及造成的损失等因素确定。
拆除建筑物：
- 对于擅自或变相在设施农业用地上进行非农建设的，依法责令拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施。
- 拆除过程中应确保安全，并尽量减少对周边环境和土地的影响。
没收违法所得：
- 如果用地主体通过违法行为获得了经济利益，如出租、出售非法建设的设施等，应依法没收其违法所得。
撤销备案或审批：
- 对于情节严重的违法行为，如擅自占用耕地和永久基本农田发展设施农业、改变或扩大设施农业用地范围等，应撤销其备案或审批手续。
追究法律责任：
- 如果用地主体的违法行为构成犯罪，应依法追究其刑事责任。
- 同时，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员也应依法给予处分。
四、组卷报批中的注意事项
在组卷报批过程中，如果发现违法设施农用地，还应注意以下几点：
- 及时报告：发现违法行为后，应及时向上级主管部门或相关执法机构报告，以便及时采取处理措施。
- 完善资料：在组卷报批时，应确保所有资料的真实性和完整性，避免因资料不全或虚假而导致审批失败或后续处理困难。
- 加强监管：在审批过程中和审批后，应加强对设施农业用地的监管，确保用地主体按照规定使用土地，防止违法行为再次发生。
五、案例参考
以广东省为例，根据广东省自然资源厅的相关规定，对于设施农业用地违反管理规定且拒不整改或无法整改的，自然资源部门会依法依规予以查处，包括撤销上图入库措施、罚款、拆除建筑物等。同时，广东省还强调了市、县级自然资源、农业农村等部门及乡镇人民政府的监管责任，要求按职能将设施农业用地及设施建设、经营行为等纳入土地执法动态巡查和日常监督检查范围。
综上所述，对于违法设施农用地在组卷报批中的处理，应严格按照相关法律法规和政策进行，确保土地资源的合理利用和保护。如果您在具体操作中遇到任何问题或需要进一步的帮助，请随时咨询相关部门或专业人士。