结论：工厂员工自离时，用人单位仍需支付其已提供劳动部分的工资，不能以自离为由拒绝支付。若员工自离给用人单位造成经济损失或违反服务期约定，用人单位可依法要求赔偿，但这不能成为拒绝支付工资的理由。

法律依据与原则

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这表明，无论员工是自离还是其他原因离职，只要其提供了劳动，就有权获得相应的劳动报酬。

2. 《工资支付暂行规定》第九条：劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应一次付清劳动者工资。这进一步强调了用人单位在员工离职时支付工资的义务。

特殊情况处理

1. 造成单位损失：

   • 如果员工自离导致用人单位经济损失，如项目延期、客户流失等，用人单位有权按照劳动合同的约定要求员工赔偿经济损失。
   • 赔偿金额可从员工工资中扣除，但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。例如，若员工月工资为5000元，每月最多可扣除1000元作为赔偿，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。

2. 违反服务期约定：

   • 若用人单位为员工提供专项培训并约定服务期，员工自离将构成违约，需按约定支付违约金。
   • 违约金数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。例如，若用人单位为员工支付了2万元的培训费用，约定服务期为2年，员工在服务1年后自离，则最多需支付1万元的违约金。

维权途径与建议

面对用人单位拒绝支付工资的情况，员工可采取以下措施维护自身权益：

1. 与用人单位协商：首先尝试与单位相关负责人进行沟通，明确表达要求支付工资的意愿，并寻求和解。

2. 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动监察大队提交投诉，由其对用人单位进行调查并责令支付工资。劳动监察部门有权对用人单位进行处罚，并督促其支付工资。

3. 申请劳动仲裁：如劳动监察部门未能解决问题，员工可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付工资及可能的经济补偿。申请仲裁的时效期间为一年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。

4. 提起诉讼：对仲裁结果不满的员工，可在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

实际案例与启示

在实际操作中，曾有员工因自离被用人单位拒绝支付工资，后通过劳动仲裁成功追回工资及经济补偿的案例。这启示我们，员工在遭遇工资纠纷时，应积极采取合法途径维护自己的权益，不要因自离而放弃追讨工资的权利。

综上所述，员工自离并不意味着用人单位可以拒绝支付工资。相反，用人单位应依法支付员工已提供劳动部分的工资，并在特殊情况下依法要求员工承担相应责任。员工在遭遇工资纠纷时，也应积极采取合法途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。