关于机关单位购买空调是否需要扣保证金的问题，这并非一个固定的规定，而是会根据具体的采购项目、采购方式以及采购人的要求而有所不同。
首先，从您提供的两个参考信息中，我们可以看到：
国家税务总局东山县税务局2025年空调采购及安装项目：在这个项目中，采购文件并未明确提及需要缴纳保证金。这通常意味着，除非采购文件中有特别说明，否则供应商在参与报价时可能不需要额外缴纳保证金。
昆明市公安局“机房供电及空调系统采购项目”：与前一个项目不同，这个项目明确要求了需要缴纳投标保证金，金额为16000元。这表明，在某些采购项目中，为了确保供应商的诚信和履约能力，采购人可能会要求供应商缴纳一定金额的保证金。
综合分析：
保证金的作用：保证金通常用于确保供应商在采购过程中的诚信行为，以及在中标后能够按照合同约定履行其义务。如果供应商违约或未能履约，采购人有权扣除保证金作为补偿。
是否需要缴纳：是否需要缴纳保证金取决于采购人的具体要求和采购项目的性质。对于一些大型、复杂或高风险的采购项目，采购人可能会更倾向于要求供应商缴纳保证金。而对于一些小型、简单或低风险的采购项目，则可能不需要。
查看采购文件：因此，对于机关单位购买空调是否需要扣保证金的问题，最准确的答案应该通过查看具体的采购文件来确定。采购文件中会明确说明是否需要缴纳保证金、缴纳的金额、缴纳方式以及退还条件等。
建议：
如果您是供应商或相关方，并计划参与机关单位的空调采购项目，我建议您：
仔细阅读采购文件，特别是关于保证金的部分，确保您完全理解并遵守相关规定。
如果采购文件中未明确提及保证金，但您对此有疑问或担忧，可以主动联系采购人或采购代理机构进行咨询和确认。
在准备报价和参与采购活动时，充分考虑保证金可能带来的财务影响，并做好相应的准备和规划。