结论：针对您提出的问题，即医院鉴定不上报系违法但上报后医院又否认签订协议书的情况，这主要涉及到医疗鉴定程序的合法性和协议书签订的证明问题。以下是从不同角度为您进行的分析和建议。
一、医疗鉴定程序的合法性
鉴定上报的义务：
- 根据相关法律法规，医疗机构在发生医疗事故或疑似医疗事故时，有义务及时上报并进行医疗鉴定。这是为了保障患者的合法权益，确保医疗事故得到公正、客观的处理。
- 如果医院未按规定上报鉴定，可能构成违法行为，患者有权向相关部门投诉或寻求法律救济。
鉴定上报后的处理：
- 一旦鉴定上报，相关部门会组织专家进行鉴定，并出具鉴定报告。这份报告是处理医疗事故的重要依据。
- 如果医院在鉴定上报后又否认相关事实，患者可以依据鉴定报告和其他证据来维护自己的权益。
二、协议书签订的证明问题
协议书的法律效力：
- 如果您与医院签订了关于医疗鉴定或医疗事故处理的协议书，这份协议书具有法律效力，双方应严格遵守。
- 协议书应明确双方的权利和义务，包括鉴定的程序、结果的处理方式等。
医院否认签订协议书的应对：
- 收集证据：首先，您需要收集能够证明协议书签订的证据，如协议书原件、复印件、签订时的照片或视频、证人证言等。
- 法律途径：如果医院仍然否认签订协议书，您可以考虑通过法律途径来解决争议。这包括向法院提起诉讼，要求法院确认协议书的法律效力，并追究医院的违约责任。
- 调解或仲裁：在诉讼之前，您也可以尝试与医院进行调解或仲裁，以更快速、更经济地解决争议。
三、综合建议
- 保留证据：无论是在医疗鉴定过程中还是在与医院协商过程中，您都应尽可能保留相关证据，如医疗记录、鉴定报告、协议书、沟通记录等。这些证据将在后续的法律程序中发挥重要作用。
- 寻求专业帮助：由于医疗纠纷涉及复杂的法律问题和专业知识，建议您寻求专业律师的帮助。律师可以为您提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助您更好地维护自己的权益。
- 保持冷静和理性：在处理医疗纠纷时，保持冷静和理性至关重要。避免与医院发生不必要的冲突和争执，通过合法途径来解决问题。
四、可能的法律后果
- 如果医院确实存在违法行为或违约行为，根据相关法律法规和协议书的约定，医院可能需要承担相应的法律责任，包括赔偿损失、承担鉴定费用等。
- 如果您无法提供足够的证据来证明协议书的签订或医院的违法行为，可能会面临一定的法律风险。因此，收集和保留证据至关重要。
最后，我建议您根据上述分析，结合自己的实际情况，采取相应的措施来维护自己的权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。