针对非政府投资项目违法问题的处理，需结合违法主体、违法类型及具体情节综合判断，以下是分情况说明及处理建议：

1. 违法主体为建设单位（业主）

   • 常见违法情形：未取得施工许可证擅自开工、未按规定进行招标、违反规划审批要求、拖欠工程款等。
     
   • 处理方式：
     
     • 行政处罚：由住建部门、规划部门等责令停工、限期改正，并处以罚款（如未取得施工许可证开工的，可处工程合同价款1%-2%罚款）；
       
     • 信用惩戒：将违法信息纳入企业信用档案，影响后续项目审批、资质升级；
       
     • 民事责任：若因违法导致合同无效（如未招标直接发包），需赔偿承包方实际损失；
       
     • 刑事责任：若涉及串通投标、行贿等犯罪行为，依法追究刑事责任。

2. 违法主体为施工单位

   • 常见违法情形：转包、违法分包、挂靠、使用不合格材料、未按设计图纸施工等。
     
   • 处理方式：
     
     • 行政处罚：责令改正，没收违法所得，处以罚款（如转包工程处合同价款0.5%-1%罚款），情节严重的吊销资质证书；
       
     • 停业整顿：对违规企业暂停投标资格1-3年；
       
     • 民事赔偿：因施工质量问题导致损失的，需承担修复费用及赔偿；
       
     • 刑事责任：若因重大安全事故构成犯罪（如工程重大安全事故罪），依法追究刑事责任。

3. 违法主体为监理单位

   • 常见违法情形：与施工单位串通、未履行监理职责导致质量安全隐患、出具虚假监理报告等。
     
   • 处理方式：
     
     • 行政处罚：责令改正，处以罚款（如未履行监理职责的，可处50万元以上100万元以下罚款），降低资质等级或吊销资质证书；
       
     • 行业禁入：对直接责任人员禁止从事监理工作；
       
     • 民事连带责任：若因监理失职导致损失，需与施工单位承担连带赔偿责任。

4. 违法主体为个人（如项目经理、实际施工人）

   • 常见违法情形：挂靠资质、行贿、伪造公文、挪用工程款等。
     
   • 处理方式：
     
     • 行政处罚：罚款、没收违法所得、吊销执业资格（如建造师证书）；
       
     • 刑事责任：根据具体行为可能构成行贿罪、伪造公司印章罪、挪用资金罪等，依法追究刑事责任。

通用处理流程建议：

1. 立即停止违法行为，避免损失扩大；
   
2. 配合行政机关调查，主动整改可减轻处罚；
   
3. 评估法律风险，必要时委托律师介入处理行政复议或诉讼；
   
4. 完善合规管理，建立项目合法性审查机制，避免重复违法。

若您遇到具体项目违法问题，可进一步说明违法主体、行为类型及当前阶段（如已受处罚、正在调查等），我将为您提供针对性解决方案。