针对您提出的“非法所得投资怎么处理”的问题，这是一个涉及刑事、民事及行政多个法律层面的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、总体原则
根据《刑法》的相关规定，犯罪分子违法所得的一切财物，都应当予以追缴或者责令退赔。这一原则同样适用于违法所得用于投资所形成的资产或权益。因此，处理非法所得投资的首要原则是依法追缴，确保违法所得及其收益不被非法保留。
二、刑事诉讼中的处理
认定违法所得投资性质：
- 在刑事案件的处理过程中，司法机关会全面收集证据，以确定用于投资的资金是否属于违法所得。这包括资金来源的证据、投资交易记录等，以确保追缴的准确性和合法性。
追缴投资收益及资产：
- 一旦认定投资资金为违法所得，司法机关将有权直接追缴因该投资所获得的全部收益以及投资形成的资产，如房产、股票、股权等。
- 若投资形成的资产难以直接追缴，如企业倒闭、资产贬值等情况，司法机关会按照资产的现有价值进行折价追缴。
- 对于以违法所得投资取得的股权，司法机关会采取拍卖或变卖的方式处置，并用所得价款补偿受害人。
防止影响公司正常运营：
- 在处理违法所得投资时，司法机关会特别注意防止将投资的财产直接从公司抽出，以免影响公司的正常运营和其他股东的权益。
三、民事程序中的处理
被害人的民事索赔：
- 被害人有权通过附带民事诉讼或单独提起民事诉讼的方式，要求犯罪嫌疑人返还因违法所得投资而造成的损失。这包括剩余的本金、利息损失等。
善意第三人权益保护：
- 若违法所得投资涉及善意第三人，且第三人不知该投资资金是违法所得并支付了合理对价取得相关资产，根据法律规定，一般会保护善意第三人的权益。
四、公司层面的处理与救济
公司取得货币所有权：
- 在民法理论上，货币占有人一般具有处分权。因此，即使出资人通过违法犯罪手段取得货币，也不宜认定其构成民法上的无权处分。在其将货币投入公司后，公司即取得货币的所有权。
公司救济措施：
- 当发现股东以违法所得出资时，公司可采取减资措施，但应通过严格的法定减资程序进行，以避免影响公司的债务清偿能力。
- 其他股东也可替代未出资的股东履行出资义务，该股东的资格继续存在，但替代出资的股东取得向该股东追偿的权利。
五、行政处理
- 对于涉及行政违法且违法所得用于投资的案件，行政机关可采取相应措施，如责令停止违法行为、没收违法所得、吊销营业执照等行政处罚，并要求企业纠正违法投资行为。
结论
综上所述，对于非法所得投资的处理，需要综合考虑刑事、民事及行政多个法律层面的规定。在刑事诉讼中，需准确认定违法所得投资性质并依法追缴；在民事程序中，应保障被害人的民事索赔权和善意第三人的权益；在公司层面，需确认公司取得货币所有权并采取适当的救济措施；在行政处理上，应对违法行为进行处罚并纠正违法投资行为。通过综合运用这些措施，可以确保法律的公正实施和各方权益的有效保护。