当非法所得被用于投资时，处理这种情况需要遵循一系列法律原则和程序。以下是对此问题的详细解答：

一、投资性质及收益认定

首先，要明确的是，非法所得用于投资后产生的任何收益，不论其多少，都属于非法所得的一部分。这是因为这些收益的源头是非法的，所以后续产生的利益自然也不合法。这一点在处理非法所得投资问题时至关重要。

二、司法机关的追缴措施

司法机关有权依法追缴非法所得，包括其用于投资的部分以及投资产生的收益。在实际操作中，司法机关会通过各种调查、侦查手段，详细了解非法所得的流向，以及投资过程中的增值情况。例如，如果犯罪所得被用于投资房产，司法机关可能会对该房产进行查封、扣押，并在案件审理结束后依据法律规定对这些资产进行处置。

三、涉及其他犯罪的处理

在非法所得投资的过程中，如果还涉及洗钱等其他违法犯罪行为，司法机关会按照相关罪名进行数罪并罚。这意味着犯罪者不仅要为非法所得本身承担责任，还要为其他相关犯罪行为承担相应的法律责任。

四、具体处理依案而定

具体的处理方式要根据每个案件的实际情况来定。司法机关会依据法律规定，结合掌握的证据进行判断和操作，以确保法律的公正执行，维护社会秩序和当事人的合法权益。例如，对于以贪污、受贿、侵占、挪用等违法犯罪所得的货币投资取得的股权，法律规定在否定投资人股东资格的前提下，对其股权采取拍卖或者变卖的方式处置。

这种做法既符合民法的一般原理，又能同时兼顾公司、公司债权人与犯罪行为受害人的利益。它防止了将投资的财产直接从公司抽出的做法，而是通过处置投资人就该货币形成的股权后获得的价款来补偿受害人，从而弥补受害人的损失。

综上所述，非法所得用于投资的处理是一个复杂而严谨的法律过程。它涉及对投资性质及收益的认定、司法机关的追缴措施、涉及其他犯罪的处理以及具体处理方式的确定等多个方面。在处理这类问题时，必须严格遵循法律规定，确保法律的公正执行和当事人的合法权益。