小区自治收取商业物管费是否合法，主要取决于是否满足一系列法定条件和程序。以下从不同角度为您详细分析：
合法情形
有合法的自治组织：
- 根据《中华人民共和国民法典》及《物业管理条例》，业主通过民主程序成立业主大会，并选举产生业主委员会，这是业主自治的合法组织基础。若小区已依法成立业主大会，并选举出业主委员会，且该组织在收取商业物管费方面得到了业主大会的合法授权，那么其收取行为即具有合法性。
- 示例：小区通过合法程序召开业主大会，经专有部分占建筑物总面积过半数的业主且占总人数过半数的业主同意，选举产生业主委员会，并授权其收取商业物管费，用于小区的商业区域管理维护，此行为合法。
制定合理的收费标准和规则：
- 业主大会或业主委员会需广泛征求业主意见，制定与服务内容、服务质量相适应的商业物管费收费标准和办法。收费标准应合理、公平、公开，并考虑小区商业区域的实际情况，如面积、设施维护需求等。
- 示例：业主委员会根据小区商业区域的规模、设施状况、服务需求等因素，经过充分讨论和测算，确定合理的商业物管费标准，并明确使用范围（如商业区域的安保、保洁、绿化维护等），此行为合法。
遵循法定的表决程序：
- 对于商业物管费的收取、标准调整等重大事项，需按照法定表决程序进行。通常要求专有部分占建筑物总面积过半数的业主且占总人数过半数的业主同意；对于涉及业主重大利益的事项，如筹集和使用维修资金等，则需更高比例的业主同意。
- 示例：提高商业物管费标准需经专有部分占建筑物总面积三分之二以上的业主且占总人数三分之二以上的业主投票同意，此行为合法。
费用使用公开透明：
- 业主自治组织应定期公布商业物管费的收支情况，接受业主监督，确保费用使用的合理性和透明度。这有助于增强业主对自治组织的信任，减少纠纷的发生。
- 示例：业主委员会每季度公布商业物管费收支明细，包括支出项目、金额、用途等，保障业主的知情权和监督权，此行为合法。
不合法情形
未经合法程序擅自收费：
- 若未成立合法的业主大会和业主委员会，或虽有组织但未经业主大会表决同意，擅自决定收取商业物管费，则此行为不合法。个别业主或非业主组织自行组织收费，未经业主大会授权，业主有权拒绝缴纳。
收费标准不合理或不公示：
- 收费标准过高且与提供的服务严重不匹配，或不向业主公示收费标准和办法，侵犯业主权益，此类收费行为不合法。业主有权要求调整收费标准或公示收费依据和标准。
费用使用不透明或挪用：
- 业主自治组织若不按规定公布商业物管费收支情况，或将费用挪作他用（与小区商业区域管理无关），则违反法律规定。相关责任人可能需承担法律责任，如返还挪用费用、赔偿损失等。
法律建议
- 确保程序合规：在小区自治收取商业物管费的过程中，务必确保所有程序的合法性和合规性，包括业主组织的成立、自治规约的制定以及收费标准的确定等。
- 加强监管与公开：业主委员会应加强对商业物管费收取和使用情况的监管，并确保收费过程的公开透明。定期公布收支账目，接受业主监督，以增强业主对自治组织的信任。
- 及时沟通解决争议：在商业物管费收取过程中，若遇到业主质疑或反对，应及时进行沟通解释，寻求共识。对于合理诉求，应积极调整改进；对于无理拒缴行为，也应依法追缴，但需注意方式方法，避免激化矛盾。
综上所述，小区自治收取商业物管费在符合法定条件和程序的前提下是合法的。然而，在实际操作中需特别注意程序的合规性、收费的合理性以及使用的透明度等方面的问题，以确保小区自治管理的顺利进行和商业物管费收取的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。