结论：公司在有劳动纠纷的情况下，确实可以更换法人代表，但这并不影响公司作为劳动纠纷的主体继续承担相应的法律责任。

一、法人变更的法律依据与流程

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国公司法》第十三条，公司法定代表人依照公司章程的规定，由董事长、执行董事或者经理担任，并依法登记。公司法定代表人变更，应当办理变更登记。这表明，公司法人的变更主要依据公司章程和法律规定进行，与是否存在劳动纠纷无直接关联。
   • 《中华人民共和国市场主体登记管理条例》第二十四条也明确指出，市场主体变更登记事项，应当自作出变更决议、决定或者法定变更事项发生之日起30日内向登记机关申请变更登记。这进一步说明了法人变更的合法性和程序性要求。

2. 变更流程：

   • 股东会决议：公司股东会需作出变更法人的决议，这一决议通常需要经代表三分之二以上表决权的股东通过（具体比例以公司章程规定为准）。
   • 提交申请材料：公司需向当地工商行政管理部门提交变更登记申请书、股东会决议、新法人的身份证明等一系列规定的申请材料。
   • 审核与登记：工商部门将对提交的材料进行审核，审核通过后办理法人变更登记手续，并换发新的营业执照。

二、劳动纠纷期间的法人变更

1. 不影响纠纷处理：公司在劳动纠纷期间变更法人代表，并不会影响劳动纠纷的处理程序和结果。劳动纠纷将继续按照法定流程进行，直至作出最终裁决或调解书。

2. 法律责任不变：虽然法人代表可以变更，但公司在法律上的责任和义务并不会因此消除。新的法人代表在接任后，仍需对公司之前的法律行为和债务承担责任，包括劳动纠纷所涉及的支付工资、经济补偿等义务。例如，若公司在劳动纠纷中被裁决支付员工工资，这一责任不会因法人变更而免除，新法人需继续履行这一义务。

3. 强制执行：若公司未能按时履行已经生效的仲裁裁决或调解书所确定的义务，对方当事人可以向人民法院申请强制执行，以确保自身权益得到保障。强制执行的对象是公司本身，而非特定的法人代表，因此法人变更不会影响强制执行的进行。

三、注意事项与建议

1. 确保变更程序的合法性：公司应严格按照相关法律法规和公司章程的规定进行法人变更，包括召开股东会或董事会会议、作出变更决议、向登记机关提交变更申请等步骤。任何违反法定程序的行为都可能导致变更无效或面临法律责任。

2. 履行相关义务：在法人变更过程中，公司应确保不损害劳动者的合法权益。例如，对于正在进行的劳动纠纷案件，新法人应继续履行原法人在劳动合同中的义务，包括支付工资、提供劳动条件等。若因法人变更导致劳动者权益受损，公司可能面临法律责任和声誉损失。

3. 通知相关方：公司应及时将法人变更的情况通知劳动者、债权人等相关方，以确保各方权益不受影响。这有助于维护公司的良好形象和信誉，避免因信息不对称而引发的纠纷和误解。

4. 综合考虑变更时机：虽然法律允许公司在劳动纠纷期间变更法人，但公司应综合考虑变更的时机和影响。若劳动纠纷即将进入关键阶段（如仲裁裁决或法院判决前），公司应谨慎考虑是否进行法人变更，以免给纠纷处理带来不必要的复杂性和不确定性。

作为专业律师，我建议公司在面临劳动纠纷时，应优先考虑通过协商、调解等方式解决纠纷，以维护公司的声誉和利益。若确实需要变更法人，应确保变更程序的合法性和合规性，并妥善处理与劳动者的关系，避免引发新的纠纷和法律责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。