针对您公对公借款5万但对方尚未归还的情况，您可以按照以下步骤来维护自己的合法权益：

一、沟通协商

1. 直接沟通：首先，建议您与对方进行直接且友好的沟通，了解对方未还款的具体原因。有时候，对方可能只是由于暂时的资金周转问题或者疏忽而未能及时还款。
2. 书面催告：如果直接沟通没有取得理想效果，您可以考虑发送书面催款通知，如邮件、正式函件等，明确记录借款事实、金额、借款日期以及约定的还款时间，并要求对方在一定期限内还款。书面催告不仅具有提醒作用，还能作为后续纠纷处理的重要证据。

二、保留关键证据

在整个借款和催款过程中，务必保留好所有相关证据，以证明借款事实和借款金额。这些证据包括但不限于：

1. 借款合同或借条：确保合同或借条内容完整，包括双方公司名称、联系方式、借款金额、用途、利息计算（如有）、借款日期、还款时间等关键信息。
2. 转账记录：保存好银行转账凭证或其他电子支付记录，以证明借款的实际交付情况。
3. 沟通记录：留存与借款和催款相关的所有沟通记录，如邮件、短信、微信聊天记录等，这些能反映双方的借贷合意及具体约定。

三、寻求第三方调解

如果沟通协商没有取得进展，您可以考虑寻求第三方调解。例如：

1. 人民调解委员会：向当地的人民调解委员会申请调解，调解委员会会安排调解员协助双方沟通协商，寻求一个双方都能接受的解决方案。调解达成协议后，双方可以签订调解协议，该协议具有一定的法律效力。
2. 行业调解机构：如果借款涉及特定行业，您也可以考虑寻求相关行业协会或专业调解机构的帮助。

四、法律途径

如果调解也无法解决问题，那么您需要通过法律途径来维护自己的权益。具体方式包括：

1. 发送律师函：委托专业律师起草并发送律师函，明确告知对方不还款的法律后果，促使其主动履行还款义务。
2. 申请支付令：如果借贷关系明确且合法，对方仅拖延还款，您可以向法院申请支付令，要求其限期偿还。若对方在规定期限内既不提出书面异议又不履行支付令，您可以向法院申请强制执行。
3. 提起诉讼：作为最终手段，您可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。在起诉时，要准备好起诉状、证据材料等。起诉状应详细说明借款事实、双方身份信息、诉讼请求（要求对方偿还借款本金、利息等）以及事实和理由。法院受理案件后，会安排开庭审理。如果胜诉，而对方仍然不履行还款义务，您可以在规定的时间内向法院申请强制执行。

五、注意事项

1. 诉讼时效：请注意民事纠纷的诉讼时效问题，一般诉讼时效为三年，从约定还款期限届满之日起算；若未约定还款期限，则随时可主张，但最长不超过二十年。
2. 专业咨询：如果需要更具体的法律建议或帮助，建议您寻求专业律师或法律援助机构的协助。

在处理此类问题时，请务必保持冷静和理性，根据具体情况选择合适的解决方式，及时维护自己的合法权益。