结论：员工使用假身份证复印件上班，公司报警后双方协商撤案，警察的处理方式会因具体情况而异，但通常包括调查核实、撤案处理以及可能的行政处罚或刑事责任追究（若存在其他违法行为）。

详细分析：

1. 调查核实阶段：

   • 警察在接到公司报警后，会首先进行调查核实工作。这包括收集相关证据，如假身份证复印件、员工的工作记录、公司的规章制度等，以确认员工是否确实使用了假身份证复印件上班。
   • 警察还可能对员工进行询问，了解其使用假身份证复印件的原因、过程以及是否知晓该行为的违法性。

2. 撤案处理：

   • 如果员工和公司已经协商好撤案，并且警察在调查过程中也未发现其他严重的违法行为，那么警察可能会根据双方的意愿进行撤案处理。
   • 撤案并不意味着员工的行为完全合法或不受任何处罚，而是表示在当前情况下，警察认为不需要继续追究刑事责任或进行进一步的行政处罚（但需注意，使用假身份证本身可能构成违法行为，具体取决于当地法律法规）。

3. 可能的行政处罚或刑事责任追究：

   • 行政处罚：即使双方协商撤案，如果员工使用假身份证复印件的行为违反了当地的行政管理法规（如《中华人民共和国居民身份证法》等相关规定），警察或相关行政部门仍可能对员工进行行政处罚，如罚款、拘留等。
   • 刑事责任追究：如果员工使用假身份证复印件的行为构成了犯罪（如伪造、变造居民身份证罪等），并且警察在调查过程中发现了足够的证据来支持这一指控，那么即使双方协商撤案，警察也可能将案件移送至检察机关进行刑事起诉。不过，在实际操作中，如果双方已经达成和解且情节轻微，检察机关可能会考虑不起诉或建议法院从轻处罚。

建议与注意事项：

• 员工方面：应认识到使用假身份证复印件上班是违法行为，不仅可能面临行政处罚或刑事责任追究，还会对自己的职业生涯和信用记录造成严重影响。因此，应尽快纠正这一行为，并积极配合警察的调查工作。
• 公司方面：在发现员工使用假身份证复印件上班后，应及时报警并配合警察的调查工作。同时，公司也应加强内部管理，完善员工入职审查制度，以避免类似情况再次发生。如果双方已经协商撤案，公司也应确保这一决定符合法律法规的要求，并保留好相关证据以备不时之需。

后续行动：

• 如果您或公司对此事仍有疑虑或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我可以根据您的具体情况提供更详细的法律建议和指导。