结论：当公司法人跟实际老板不是同一人时，若发生劳动纠纷需要仲裁，劳动者应以与自己建立劳动关系的用人单位作为被申请人进行仲裁，而非单纯依据公司法人身份确定。下面我将从多个角度为你详细分析并给出具体操作建议。
一、确定被申请人的原则
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，发生劳动争议时，劳动者应将与自己存在劳动关系的用人单位列为被申请人。这意味着，无论公司的法人是谁，只要劳动者与该公司建立了劳动关系，就应以该公司为劳动仲裁的被申请人。
举例说明：假设你在A公司工作，但A公司的法人是张某，而实际老板是李某。若你与A公司发生劳动纠纷，如拖欠工资等，你在申请劳动仲裁时，应将A公司作为被申请人，而不是张某或李某个人。
二、法人及实际控制人的角色
- 法人角色：法人是公司的法定代表，负责代表公司参与包括劳动仲裁在内的法律程序。在仲裁过程中，法人或其授权代表需按仲裁机构要求参加庭审、提交证据等。
- 实际控制人角色：实际控制人（可能是公司的控股股东或实际经营决策人）虽不是劳动仲裁的直接被申请人，但在仲裁背后可能对公司决策产生重大影响，如决定是否和解、如何应对仲裁等。但劳动者在仲裁时，无需直接针对实际控制人，而是应聚焦于与用人单位之间的劳动关系及纠纷。
三、证明劳动关系的必要性
劳动者在申请劳动仲裁时，需要准备充分的材料来证明与用人单位之间的劳动关系。这些材料包括但不限于：
- 劳动合同
- 工资支付记录（如工资条、银行工资流水）
- 工作证
- 考勤记录
- 同事的证人证言等
法律建议：这些证明材料不仅有助于确定用人单位主体，还能为劳动者在仲裁中的主张提供有力支撑。因此，劳动者在平时工作中应注意保存这些材料，以备不时之需。
四、申请劳动仲裁的具体步骤
准备仲裁材料：
- 劳动仲裁申请书：详细写明申请人与被申请人的基本信息，仲裁请求（如支付拖欠工资、经济补偿等），并陈述事实与理由。
- 证据材料：包括上述证明劳动关系的材料以及其他与纠纷相关的证据。
选择仲裁机构并提交申请：
- 确定仲裁机构：根据劳动争议发生地或用人单位所在地选择有管辖权的劳动争议仲裁委员会。
- 提交申请：将仲裁申请书和证据材料一并提交，按要求缴纳仲裁费用（部分地区免费）。仲裁机构审查后，符合受理条件的将予以受理。
参与仲裁庭审：
- 按时参加：按照开庭通知的时间、地点准时参加庭审。
- 陈述与辩论：清晰陈述案件事实，围绕仲裁请求进行阐述，并提供证据支持；针对被申请人的答辩意见和证据进行辩论和质证。
等待仲裁裁决：
- 裁决期限：仲裁机构应在受理后45日内结束审理，复杂案件可延期15日。
- 领取裁决书：仔细阅读裁决书内容，了解仲裁结果。对裁决不服的，可在规定期限内向人民法院提起诉讼。
五、其他注意事项
- 核实企业信息：申请仲裁前，建议查阅公司注册文件、营业执照等，核实企业法人的身份及用人单位的准确信息。
- 保持证据完整：确保所有相关证据的完整性和真实性，以便在需要时提供充分支持。
- 及时行动：劳动纠纷发生后，劳动者应及时采取行动，避免超过仲裁时效（一般为一年）。
最后，面对公司法人代表与实际老板不一致的情况，劳动者应优先考虑通过劳动仲裁程序解决劳动争议。在整个过程中，务必保持证据的完整性，并严格按照法律程序进行操作。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。