当劳动者的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍时，其经济补偿金的计算确实会受到特殊规定的限制。以下是对这一问题的详细解答：
一、经济补偿金的计算基数
- 定义与确定：
- “月工资”指的是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，且为税前工资，它包含了社会保险、公积金及个人所得税前的全部收入。
- 如果这个月工资高于用人单位所在地区上年度职工月平均工资的三倍，那么经济补偿金的计算基数将按照这个三倍数额来设定。例如，若某地区上年度职工月平均工资为5000元，则三倍为15000元，这15000元就是计算经济补偿金的月工资上限。
二、经济补偿金的支付年限
最高限额：
- 对于工资高于社平工资三倍的劳动者，经济补偿金的支付年限最高不超过十二年。这意味着，无论劳动者在用人单位工作了多少年，其经济补偿金的计算年限最多只按12年来算。
具体计算方式：
- 经济补偿金的支付是按照劳动者在本单位工作的实际年限来确定的。每满一年支付一个月工资的经济补偿；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，则支付半个月工资的经济补偿。但总年限不得超过十二年。
三、具体计算公式
经济补偿金的具体计算方式可以表示为：经济补偿金 = 当地上年度职工月平均工资 × 3 × 补偿年限（不超过12年）。
例如，若某地区上年度职工月平均工资的三倍为15000元，劳动者在用人单位工作了15年，但由于支付年限的限制，其应得的经济补偿金为15000元 × 12年 = 180000元。
四、注意事项
不影响其他权益：
- 这一特殊规定仅适用于经济补偿金的计算，它并不影响劳动者其他合法权益的享有，如社会保险、福利待遇等。
准确确定数据：
- 在实际计算过程中，劳动者和用人单位需要准确确定当地上年度职工月平均工资，并据此来计算经济补偿金。这要求双方都要对相关数据有准确的了解和掌握。
争议解决途径：
- 如果劳动者对经济补偿金的计算有异议，他们可以通过协商、仲裁或诉讼等合法途径来解决争议。这确保了劳动者在权益受到侵害时，有有效的救济手段。
综上所述，对于工资高于社平工资三倍的劳动者而言，其经济补偿金的计算确实受到特定法律条款的限制和规定。用人单位应准确理解和应用这些法律规定，以确保在处理相关事宜时能够合法、合规地进行操作，从而保障劳动者的合法权益。