在建设工程合同中，特别提示条款的效力并不当然优先适用，其是否优先适用需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
合同条款的效力原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，合同条款的效力应当遵循公平、自愿、诚实信用等原则。特别提示条款作为合同的一部分，其效力并不因其被“特别提示”而自动优先于其他条款。
- 如果特别提示条款的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么该条款将被认定为无效，自然不存在优先适用的问题。
特别提示条款的特殊情形：
- 在某些情况下，特别提示条款可能涉及合同中的关键内容，如违约责任、争议解决方式等。如果这些条款在合同中得到了双方的明确认可，并且符合法律、行政法规的规定，那么它们在合同履行和争议解决过程中可能会具有更重要的地位。但这并不意味着它们绝对优先于其他条款，而是需要根据具体情况进行判断。
- 如果特别提示条款是格式条款（即一方为了重复使用而预先拟定，并在订立合同时未与对方协商的条款），那么根据《民法典》中关于格式条款的规定，提供格式条款的一方应当遵循公平原则确定当事人之间的权利和义务，并采取合理的方式提示对方注意免除或者减轻其责任等与对方有重大利害关系的条款。如果未履行提示或者说明义务，致使对方没有注意或者理解与其有重大利害关系的条款的，对方可以主张该条款不成为合同的内容。
合同解释的原则：
- 当合同条款存在争议时，应当根据合同所使用的词句、合同的有关条款、合同的目的、交易习惯以及诚实信用原则等，确定该条款的真实意思。在这个过程中，特别提示条款可能会因为其“特别”性而受到更多的关注，但最终的解释仍然需要遵循上述原则。
法律建议：
- 在签订建设工程合同时，双方应当仔细阅读合同条款，特别是特别提示条款，确保对其内容有充分的理解。
- 如果对特别提示条款有疑问或异议，应当及时与对方沟通并协商修改，以避免后续争议。
- 在合同履行过程中，如果发生争议，应当首先尝试通过协商解决；协商不成的，可以依据合同中的争议解决条款（如仲裁或诉讼）寻求法律救济。
可能后果：
- 如果特别提示条款被认定为无效或不被优先适用，那么合同双方可能需要依据其他有效条款或法律规定来履行合同或解决争议。
- 如果因特别提示条款引发争议并诉诸法律，法院或仲裁机构将根据合同条款、法律规定以及案件事实进行综合判断，并作出公正的裁决。
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