建设工程合同约定合同协议书优先于招标文件适用是有效的。下面我将从法律角度详细解释这一结论：

1. 合同自由原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是当事人意思自治的产物，当事人有权在合同中约定彼此的权利和义务。
   • 因此，如果建设工程合同中明确约定了合同协议书优先于招标文件适用，那么这一约定是当事人真实意思的表示，应当得到尊重和执行。

2. 合同内容的优先性：

   • 在建设工程合同中，合同协议书通常作为合同的主要组成部分，详细规定了双方的权利、义务和责任。
   • 招标文件虽然也是合同形成过程中的重要文件，但其主要作用在于招标阶段，为投标人提供投标依据。
   • 一旦合同成立并生效，合同协议书作为合同的正式文本，其约定的内容应当优先于招标文件中的相关内容。

3. 法律效力的认定：

   • 除非合同协议书的内容违反法律、行政法规的强制性规定，或者存在其他导致合同无效的情形，否则合同协议书约定的内容应当具有法律效力。
   • 在此情况下，如果合同协议书与招标文件发生冲突，应当以合同协议书的约定为准。

综上所述，建设工程合同约定合同协议书优先于招标文件适用是有效的。这一约定体现了合同自由原则，符合合同内容的优先性，并且在没有违法违规的情况下，应当具有法律效力。因此，在实际操作中，如果遇到合同协议书与招标文件不一致的情况，应当以合同协议书的约定为准。如果你还有其他关于建设工程合同的问题，欢迎随时向我咨询。