核心结论：单位保留的合同复印件在法律上一般有效，但需满足一定条件；是否可以复印需结合单位规定和合同约定判断，建议优先与单位协商并留存沟通证据。

1. 合同复印件的法律效力

根据《民法典》第469条，书面合同自双方签字或盖章时成立，原件与复印件的法律效力本质相同，但复印件的证明力较弱。若发生纠纷，法院可能要求提供原件核对，或结合其他证据（如履行记录、证人证言）综合认定复印件的真实性。
例外情形：若合同明确约定“仅原件有效”或“复印件不具法律效力”，则需以约定为准；若复印件存在篡改、模糊等瑕疵，可能被认定为无效证据。

2. 单位是否允许复印合同

需分情况讨论：

• 若合同未禁止复印：单位通常无权阻止员工复印自留，但可能要求员工签署“复印件与原件一致”的确认书，或加盖单位公章以增强证明力。
  
• 若合同明确禁止复印（如涉及商业秘密、敏感信息）：单位可能拒绝提供复印件，但需在合同中显著提示（如加粗、下划线）。若单位未提示，该条款可能因未履行告知义务而被认定无效。
  
• 单位内部规定：部分单位可能通过规章制度限制合同复印，但该规定需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示，否则对员工不产生约束力。

3. 实务建议

• 优先协商：向单位说明复印用途（如办理社保、贷款等），争取书面同意；若单位拒绝，可要求出具“拒绝提供复印件的书面说明”并留存。
  
• 留存证据：若自行复印，建议通过拍照、录像等方式记录复印过程，并保留与单位的沟通记录（如邮件、微信），以备后续争议时证明复印件来源合法。
  
• 替代方案：若单位坚持不提供复印件，可要求单位出具加盖公章的《合同内容确认书》，或通过公证处对合同内容进行公证，以增强证据效力。

总结：合同复印件在法律上可被认可，但需结合具体情形判断其效力；是否可以复印需以合同约定和单位规定为准，建议通过协商、留存证据等方式降低风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。