能否要回三年前林业系统要求交纳的“以木还贷”款项，需分情况讨论，关键在于款项性质、收取依据及程序合法性。以下从不同角度展开分析：

1. 若款项属于“行政事业性收费”或“政府性基金”

• 合法性审查：需核查林业系统收取该款项是否有明确的法律依据（如地方性法规、规章或规范性文件），且该依据是否仍在有效期内。若依据已被废止或修改，或收取程序违反法定要求（如未公示、未开具合法票据），则可能构成违法收费。
• 退款可能性：若收费违法，您有权要求返还。可向当地林业主管部门或财政部门提出书面申请，要求退还款项并支付同期银行利息。若遭拒绝，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

2. 若款项属于“合同约定款项”（如林业贷款担保金）

• 合同效力：需审查您与林业系统或相关机构签订的合同（如贷款协议、担保协议），明确款项性质、用途及返还条件。若合同中约定“以木还贷”为还款方式，但未明确约定款项返还规则，需结合合同履行情况判断。
• 退款条件：若您已按合同约定履行还款义务（如通过木材交付完成还款），但款项未被抵扣或返还，可要求对方履行合同义务。若合同存在显失公平、欺诈等情形，可主张撤销合同并要求退款。

3. 若款项属于“非法收取”或“乱收费”

• 法律定性：若林业系统无合法依据强行收取款项，可能构成“乱收费”或“行政违法”。根据《价格法》《行政处罚法》等规定，您有权向价格主管部门或纪检监察机关举报，并要求退还款项。
• 维权途径：除举报外，您可直接向法院提起民事诉讼，要求确认收费行为无效并返还财产。诉讼中需提供缴费凭证、合同、沟通记录等证据证明收费违法性。

4. 时效问题需注意

• 行政诉讼时效：若选择行政复议或诉讼，需在知道收费行为之日起60日内申请复议，或6个月内提起诉讼（特殊情况可延长）。
• 民事诉讼时效：若基于合同关系主张退款，诉讼时效为3年，自您知道或应当知道权利受损之日起计算。若款项收取已超3年，需结合中断、中止等情形判断是否过期。

行动建议

1. 收集证据：整理缴费凭证、合同、沟通记录等材料，明确款项性质、金额及收取依据。
2. 咨询核实：向当地林业部门或财政部门查询该款项的收费依据及政策，确认是否合法。
3. 协商解决：优先与林业系统沟通，要求书面说明收费理由及退款流程。
4. 法律维权：若协商无果，可委托律师起草法律文书，通过行政复议、诉讼或举报途径主张权利。

提示：法律程序具有专业性，建议根据具体情况制定维权策略。如有疑问，可进一步提供细节，我将为您详细分析。