对于已经投入使用的建筑物存在未经验收擅自投入使用的问题，且涉及多个部门时，处罚措施会依据相关法律法规及违规情节的严重程度来判定，具体如下：

1. 行政责任与处罚：

   • 建设单位：根据《建设工程质量管理条例》第五十八条，若建设单位未组织竣工验收、验收不合格却擅自交付使用，或对不合格工程按合格验收，将面临责令改正及处工程合同价款2%至4%罚款的处罚；若因此造成损失，还需依法承担赔偿责任。
   • 施工单位：施工单位若配合建设单位在建筑物未经验收时投入使用，可能受到责令整改、降低资质等级、吊销资质证书及罚款等处罚。这是因为施工单位对施工质量负有直接责任，其违规行为同样会受到法律的制裁。
   • 监管部门：建设行政主管部门等相关监管部门有权依据实际情况和违法情节，采取责令停止使用、整改直至拆除等措施。这些措施旨在确保公共安全，防止因建筑物质量问题引发的安全事故。

2. 民事责任与赔偿：

   • 使用者权益：若建筑物使用者（如购房者、租户等）在不知情的情况下入住未经验收的建筑物，通常不承担法律上的“处罚”责任。但他们有权要求建设单位承担违约责任，如尽快完成验收、交付合格建筑物，并赔偿因建筑物质量问题造成的损失。
   • 赔偿责任：若未经验收的建筑物因质量问题导致安全事故，相关责任人（包括建设单位、施工单位等）需承担民事责任，赔偿受害者因此遭受的损失。这体现了法律对受害者权益的保护，以及对违规行为的严厉打击。

3. 刑事责任追究：

   • 在情节特别严重的情况下，如擅自使用未经验收的建筑物导致重大安全事故，造成人员伤亡或重大财产损失，相关责任人可能面临刑事责任的追究。这体现了法律对严重违规行为的零容忍态度，以及对公共安全的坚决维护。

综合建议：

• 为避免不必要的法律风险和经济损失，建议建筑物使用者或所有者在购买或使用建筑物前，务必确认该建筑物已通过相关验收程序并取得合法使用手续。这是保障自身权益的重要措施。
• 对于发现的任何违规行为，应及时向相关部门举报。这不仅可以维护自身和他人的合法权益，还可以促进建筑市场的健康发展。

法律依据：

• 《建设工程质量管理条例》第五十八条：违反本条例规定，建设单位有下列行为之一的，责令改正，处工程合同价款2%以上4%以下的罚款；造成损失的，依法承担赔偿责任：(一)未组织竣工验收，擅自交付使用的；(二)验收不合格，擅自交付使用的；(三)对不合格的建设工程按照合格工程验收的。

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