内部协议中关于税费由实际施工人承担的约定，在符合法律规定且不违反公序良俗的情况下，通常是有效的。以下从多个角度进行详细分析：

一、合同自由原则的角度

根据合同自由原则，合同双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，有权自由约定合同的内容，包括税费的承担方式。因此，如果内部协议中明确约定了税费由实际施工人承担，且该约定不违反相关法律法规的强制性规定，那么该约定是有效的。

二、税收法律法规的角度

1. 税收法定原则：税收的种类、税率、税收优惠等税收基本制度由法律规定。然而，税收法定原则并不直接禁止合同双方约定税费的承担方式。只要该约定不违反税收法律法规的强制性规定，不损害国家税收利益，就是合法的。

2. 具体税种的规定：对于不同的税种，税收法律法规可能有不同的规定。例如，在建设工程领域，营业税（现已改为增值税）等税费的承担方式可能受到相关税收法律法规的调整。但即便如此，只要合同双方的约定不违反这些具体规定，就是有效的。在实际操作中，需要具体查看相关税收法律法规，以确定税费承担方式的合法性。

三、实际施工人身份的角度

1. 实际施工人的定义：实际施工人通常指的是在建设工程中实际进行施工活动的主体，他们可能并不具备相应的施工资质，但确实承担了施工任务。在实际施工人与发包人或承包人签订的内部协议中，约定税费由实际施工人承担，并不违反法律法规的强制性规定。

2. 实际施工人的权益保护：虽然实际施工人可能处于相对弱势的地位，但法律并不禁止他们通过合同约定来维护自己的权益。只要合同双方的约定是公平、合理的，且不违反法律法规的强制性规定，那么该约定就是有效的。当然，如果实际施工人认为税费承担方式不公平或不合理，他们可以通过法律途径来寻求救济。

四、可能存在的风险及建议

1. 风险：尽管内部协议中关于税费由实际施工人承担的约定在符合法律规定的情况下是有效的，但实际施工人仍需注意，如果发包人或承包人未按照约定支付税费，或者税务机关对税费承担方式有异议，实际施工人可能需要承担相应的法律责任。

2. 建议：

   • 在签订内部协议时，明确约定税费的承担方式、支付时间、支付方式等具体条款，以避免后续纠纷。
   • 实际施工人应了解相关税收法律法规的规定，确保自己的约定不违反法律法规的强制性规定。
   • 如果可能的话，可以咨询专业律师或税务师的意见，以确保约定的合法性和合理性。

总结来说，内部协议中关于税费由实际施工人承担的约定，在符合法律规定且不违反公序良俗的情况下，通常是有效的。但实际施工人仍需注意可能存在的风险，并在签订协议时做好充分的准备和规划。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。