劳动监察责令整改指令书一旦作出，通常不能直接“撤销”，但可以通过合法途径提出异议或纠正相关问题，具体方式如下：

1. 申请行政复议
   若认为劳动监察部门作出的责令整改指令书存在事实认定错误、程序违法或适用法律错误，可在收到指令书之日起60日内向作出该指令的劳动监察部门的上一级主管部门，或同级人民政府申请行政复议。复议机关将审查原指令的合法性与合理性，若确认违法或不当，可依法撤销、变更或确认违法。

2. 提起行政诉讼
   若对行政复议结果不服，或未申请复议直接选择诉讼，可在收到指令书之日起6个月内向法院提起行政诉讼。法院将全面审查指令的合法性，若认定程序违法、证据不足或适用法律错误，可判决撤销或部分撤销指令书。

3. 主动纠正违法行为并申请撤销
   若企业或个人在收到指令书后，主动纠正了被责令整改的违法行为（如补缴社保、补签劳动合同等），可向劳动监察部门提交整改完成证明及相关材料，申请撤销或终止整改指令。若劳动监察部门核实后确认整改到位，可能出具终止整改决定或不再执行原指令。

4. 针对程序瑕疵提出异议
   若指令书存在程序违法（如未依法送达、未告知救济权利等），可在行政复议或诉讼中以此为由主张撤销。程序瑕疵可能影响指令的效力，但需结合具体情形判断是否构成重大违法。

注意事项：

• 撤销指令书的核心在于证明其违法或不当，需准备充分证据（如整改记录、法律依据、程序瑕疵证明等）。
  
• 整改指令具有行政强制力，未依法履行可能面临罚款、强制执行等后果，建议优先通过合法途径解决争议，而非消极对抗。
  
• 若对指令内容有疑问，可要求劳动监察部门出具书面说明，或直接向我咨询具体应对策略。

如有进一步疑问或需协助准备复议/诉讼材料，可直接向我提问。