工程款盖项目部章的效力并非绝对，而是需要根据具体情况来判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
通常情况下有效的情况
项目部章的性质与用途：
- 项目部作为施工单位为特定工程设立的临时性管理机构，其印章在项目施工管理过程中具有特定的用途。通常，项目部章用于与该项目有关的文件往来、工程资料确认等事务，是施工单位认可的代表该项目的专用印章。因此，在涉及工程款的文件上加盖项目部章，如果符合项目部的职责范围和交易习惯，一般会被认定为有效。
交易习惯的影响：
- 如果在工程建设过程中，双方长期以来一直通过加盖项目部章的方式进行各类文件的确认，包括进度款申请、材料签收单等，并形成了交易习惯，那么在工程款结算时加盖项目部章，也通常会被认定为有效。这种交易习惯的形成，表明双方对项目部章的效力有共同的认识和接受。
存在效力瑕疵的情况
合同明确约定：
- 如果双方签订的建设工程合同中明确约定了工程款结算必须加盖公司公章或合同专用章才有效，那么仅加盖项目部章的结算文件可能会被认定为无效。因为合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力，双方应当严格遵守。
相对方未尽合理审查义务：
- 如果相对方知道或者应当知道项目部章不能代表施工单位进行工程款结算，却仍然接受加盖项目部章的结算文件，可能会影响结算文件的效力。例如，如果建设单位已收到施工单位的书面通知，明确告知项目部章仅用于工程资料管理，不得用于工程款结算，但建设单位仍然接受加盖项目部章的结算文件，那么该结算文件的效力可能不被法院认可。
无代理权或超越代理权：
- 如果加盖项目部章的人员没有得到施工单位的授权，或者超越了授权范围进行工程款结算，且相对方对此应当知晓，那么该结算行为可能被认定为无效。因为代理行为需要在代理权限内进行，超越代理权限或者无代理权的代理行为，除非得到被代理人的追认，否则不具有法律效力。
项目部未获授权：
- 如果项目部并未获得公司的明确授权，只是公司内部的一个管理机构，并没有对外效力，那么盖有项目部章的工程款结算文件可能无效。因为项目部作为内部机构，其印章通常不具有对外代表公司的效力。
纠纷解决方式
如果在工程款结算中因加盖项目部章的结算文件效力问题产生纠纷，当事人可以通过以下方式解决：
- 协商：双方可首先尝试通过友好协商解决争议，这有助于维护双方的合作关系和减少诉讼成本。
- 调解：可寻求第三方调解机构介入，帮助双方达成和解。调解机构通常具有专业的调解能力和经验，能够更有效地促进双方达成和解。
- 仲裁或诉讼：若协商和调解均无法解决问题，当事人可根据合同约定或法律规定选择仲裁或诉讼方式解决纠纷。在处理纠纷时，法院或仲裁机构会综合考虑各种因素来认定结算文件的效力。
建议：为确保工程款结算文件的合法有效，建议双方在合同签订时明确约定结算印章的要求，并在实际履行过程中严格遵守相关规定。如有任何疑问或不确定之处，可以直接向我咨询，以避免潜在的法律风险。