结论：在工程建设项目货物招标中，代理商与制造商同时投标时，代理商被废标并不必然导致制造商也被废标，具体结果取决于废标原因及招标文件的相关规定。以下从不同角度进行分析：
废标原因的独立性
- 代理商自身原因：若代理商因资质不符、投标文件不完整、报价错误等自身原因被废标，而制造商的投标文件完全符合招标要求，则制造商不应被废标。例如，代理商未提供有效的授权委托书，但制造商提供了完整且有效的投标文件，此时制造商的投标应继续有效。
- 制造商原因：若废标原因是制造商的问题，如制造商提供的货物不符合招标文件的技术要求、制造商存在不良信用记录等，则制造商应被废标，而代理商若未涉及这些问题，则不应被牵连。
招标文件的规定
- 联合投标或关联投标条款：部分招标文件可能对代理商与制造商的联合投标或关联投标有特别规定。若招标文件明确规定，代理商与制造商同时投标时，若一方被废标，另一方也需被废标，则需遵循此规定。但此类规定需明确且合理，否则可能因违反公平竞争原则而被质疑。
- 一般废标条款：若招标文件未对代理商与制造商同时投标的情况作出特别规定，则应依据一般废标条款处理。即，废标应仅针对不符合要求的投标方，而不应波及其他符合要求的投标方。
法律原则与公平竞争
- 公平竞争原则：招标活动应遵循公平、公正、公开的原则。若因代理商被废标而连带废除制造商的投标，且制造商本身无过错，则可能违反公平竞争原则，损害制造商的合法权益。
- 法律救济途径：若制造商认为自身被错误废标，可依据招标文件及相关法律法规，通过质疑、投诉等法律救济途径维护自身权益。
建议：
- 仔细阅读招标文件：在参与投标前，代理商与制造商应仔细阅读招标文件，了解其中关于废标、联合投标或关联投标的规定，以避免不必要的风险。
- 确保投标文件合规：代理商与制造商应确保各自的投标文件完全符合招标文件的要求，避免因自身原因导致废标。
- 及时沟通与协商：若代理商与制造商同时投标，且存在关联关系，建议在投标前就可能出现的废标情况进行沟通与协商，明确各自的责任与义务。
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