结论：合同是否有效需结合具体情况判断，但仅因宅基地被部分占用，并不直接导致合同无效。以下从多个角度进行分析：
一、合同效力的基本判断
合同成立与生效要件：
- 合同成立需双方意思表示一致，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定。
- 合同生效则需满足合同成立的要件，且不存在导致合同无效的情形，如欺诈、胁迫、恶意串通损害国家、集体或第三人利益，以及违反法律、行政法规的强制性规定等。
宅基地合同特殊性：
- 宅基地合同涉及农村土地使用权，需遵守《土地管理法》等相关法律法规。
- 宅基地的使用权通常限于本集体经济组织成员，且需符合宅基地分配条件。
二、宅基地被部分占用对合同效力的影响
合同内容未违反法律强制性规定：
- 如果合同内容本身不违反法律、行政法规的强制性规定，仅因宅基地被部分占用，并不直接导致合同无效。
- 占用行为可能构成违约，但不影响合同本身的效力。
合同可能因履行不能而部分无效或可撤销：
- 如果宅基地被部分占用导致合同无法完全履行，如无法按照合同约定的面积使用宅基地，可能构成履行不能。
- 在此情况下，受影响的一方可以主张合同部分无效或请求撤销合同中受影响的部分，但需根据具体情况和法律规定进行判断。
三、建议与措施
审查合同内容：
- 仔细审查合同条款，特别是关于宅基地面积、位置、使用期限等关键信息。
- 确认合同是否明确约定了宅基地被占用时的处理方式。
收集证据：
- 收集宅基地被占用的相关证据，如现场照片、视频、证人证言等。
- 保留与对方沟通的记录，如短信、邮件、聊天记录等，以证明对方存在违约行为。
协商与调解：
- 尝试与对方进行协商，寻求双方都能接受的解决方案，如调整宅基地使用面积、补偿损失等。
- 如果协商无果，可以寻求第三方调解，如村委会、乡镇政府等。
法律途径：
- 如果协商和调解均无法解决问题，可以考虑通过法律途径解决纠纷。
- 可以向法院提起诉讼，要求确认合同效力、赔偿损失或解除合同等。
四、注意事项
- 及时行动：宅基地纠纷可能涉及土地权益的长期变化，建议尽快采取行动以维护自身权益。
- 专业咨询：由于宅基地纠纷涉及复杂的法律关系和地方政策，建议在处理过程中咨询专业律师的意见。
最后，宅基地合同被部分占用并不直接导致合同无效，但可能影响合同的履行。建议你根据上述建议采取相应措施，以维护自身合法权益。如果你有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。