在没有有效不动产权登记证书的情况下，法院确实有可能通过民事诉讼的形式来确定争议土地的权属，但具体能否确定以及确定的方式会受到多种因素的影响。以下从几个角度进行详细分析：
法律原则与规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关土地管理法规，土地权属的确定通常依赖于不动产权登记证书。然而，在实际情况中，可能存在因历史原因、登记错误或遗漏等原因导致没有有效的不动产权登记证书的情况。
- 在这种情况下，法院在审理土地权属争议时，会综合考虑多种证据，包括但不限于土地使用历史、相关合同、协议、政府文件、证人证言等，以查明事实真相，并据此作出判决。
民事诉讼的适用性：
- 民事诉讼是解决民事争议的一种法律途径，包括土地权属争议。当双方对土地权属存在争议，且无法通过协商、调解等方式解决时，可以向法院提起民事诉讼。
- 法院在受理此类案件后，会依法进行审理，并根据查明的事实和适用的法律作出判决。判决可能包括确认土地权属、责令相关方办理土地登记手续等。
证据的重要性：
- 在没有有效不动产权登记证书的情况下，证据的收集和提交变得尤为重要。当事人需要积极收集能够证明自己土地权属的证据，如土地使用证明、政府批文、历史交易记录等。
- 法院在审理过程中，会对这些证据进行审查和评估，以确定其真实性和关联性。如果证据充分且有力，法院有可能据此确定争议土地的权属。
可能的法律后果：
- 如果法院最终确定了争议土地的权属，那么相关方需要按照判决结果办理土地登记手续，以取得合法的不动产权登记证书。
- 如果一方不履行判决结果，另一方可以申请法院强制执行。同时，不履行判决的一方还可能面临法律责任和处罚。
建议：
- 在没有有效不动产权登记证书的情况下，如果发生土地权属争议，建议当事人及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并积极收集相关证据。
- 当事人可以通过协商、调解等方式尝试解决争议，以节省时间和成本。如果无法解决，再考虑通过民事诉讼途径解决。
- 在诉讼过程中，当事人需要积极配合法院的审理工作，如实陈述事实、提交证据，并遵守法院的判决结果。
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