若小区内国有土地上的建筑违反了规划法关于容积率的规定，通常需要先接受相关部门的调查与处罚，之后根据具体情况办理补办规划许可或整改等手续。具体分析如下：

1. 接受调查与处罚：

   • 城乡规划主管部门或城市管理综合行政执法部门在发现违反容积率规定的行为后，会依法进行调查取证。
   • 根据调查结果，相关部门会作出行政处罚决定，可能包括罚款、责令限期改正（如拆除超建部分、调整建筑布局等）或没收违法收入等。
   • 处罚决定会明确要求建设单位或个人在规定期限内履行义务，如缴纳罚款、提交整改方案等。

2. 补办规划许可手续（如可能）：

   • 若违法建设行为轻微且符合规划调整条件：在接受处罚并履行相关义务后，建设单位或个人可向城乡规划主管部门申请补办建设工程规划许可证或调整容积率。
   • 申请流程：通常包括提交申请报告、现状图、整改方案、处罚决定书等材料，并按照规划主管部门的要求进行公示、听证等程序。
   • 审批结果：规划主管部门会根据城市规划、土地利用规划以及相关法律法规，对申请进行审查并作出决定。若批准，则建设单位或个人需按照批准的内容进行建设或整改。

3. 整改与验收：

   • 整改要求：若规划主管部门要求整改，建设单位或个人需按照整改方案进行施工，确保建筑符合容积率等规划条件。
   • 验收程序：整改完成后，需向规划主管部门申请验收。验收合格后，方可继续使用或办理后续手续（如房产证等）。

4. 特殊情况处理：

   • 历史遗留问题：对于因历史原因造成的违反容积率规定且无法整改的情况，可能需通过政府协调、土地置换等方式解决。
   • 政府主导项目：若违反容积率规定的行为涉及政府主导的项目（如旧城改造、棚户区改造等），可能需按照政府的相关政策进行处理。

行动建议：

• 及时沟通：若发现违反容积率规定的情况，建议建设单位或个人及时与城乡规划主管部门沟通，了解具体处罚措施和整改要求。
• 准备材料：根据处罚决定和整改要求，准备相关材料（如申请报告、现状图、整改方案等）以便后续申请补办规划许可或进行整改。
• 遵守法规：在后续建设和整改过程中，务必严格遵守城乡规划法等相关法律法规，确保建筑符合规划条件。

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