结论：超过诉讼时效起诉，被告提出抗辩时，法院不一定会经过完整的实体审理，而是会根据具体情况进行判断。

详细分析：

1. 诉讼时效的基本概念： 诉讼时效是指民事权利受到侵害的权利人在法定的时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权。在法律规定的诉讼时效期间内，权利人提出请求的，人民法院就强制义务人履行所承担的义务。而在法定的诉讼时效期间届满之后，权利人行使请求权的，人民法院就不再予以保护。

2. 被告抗辩的影响： 当原告超过诉讼时效起诉时，被告有权提出诉讼时效抗辩。如果被告提出抗辩，并且法院认为抗辩理由成立，那么法院将不再对案件进行实体审理，而是直接驳回原告的诉讼请求。这是因为诉讼时效的设立，旨在督促权利人及时行使权利，避免法律关系的长期不确定状态，维护社会秩序的稳定。

3. 法院的审查流程：

   • 初步审查：法院在受理案件后，会首先对原告的起诉进行初步审查，包括是否超过诉讼时效等。
   • 被告抗辩：如果被告提出诉讼时效抗辩，法院会进一步审查抗辩理由是否成立。
   • 实体审理的必要性：如果法院认为被告的抗辩理由成立，即原告确实超过了诉讼时效起诉，那么法院将不再进行实体审理，而是直接驳回原告的诉讼请求。如果法院认为被告的抗辩理由不成立，或者原告能够提供证据证明存在诉讼时效中断、中止等情形，那么法院将继续进行实体审理。

4. 特殊情况下的处理：

   • 被告未提出抗辩：如果被告在诉讼过程中未提出诉讼时效抗辩，法院通常不会主动审查诉讼时效问题，而是会进行实体审理。
   • 自愿履行：即使超过诉讼时效，如果被告自愿履行义务，法院也不会进行干涉。

法律建议：

• 及时行使权利：作为原告，应当及时行使自己的权利，避免超过诉讼时效而丧失胜诉权。
• 充分准备证据：如果确实存在超过诉讼时效的情况，原告应当充分准备证据，证明存在诉讼时效中断、中止等情形，以争取法院的实体审理。
• 积极应对抗辩：作为被告，如果提出诉讼时效抗辩，应当提供充分的证据支持自己的抗辩理由，以促使法院驳回原告的诉讼请求。

可能后果：

• 如果原告超过诉讼时效起诉，且被告提出有效的抗辩，法院将驳回原告的诉讼请求，原告将承担败诉的风险。
• 如果原告能够证明存在诉讼时效中断、中止等情形，或者被告未提出抗辩，法院将继续进行实体审理，并根据审理结果作出判决。

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