水行政主管部门查处违法水利企业违法行为的时效，需根据具体违法行为和法律程序分情况讨论，以下是详细分析：

1. 行政处罚的追责时效
   根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，追责时效延长至五年。

   • 水利企业常见违法行为（如非法取水、破坏水利设施、未依法办理取水许可等）若未造成严重后果，通常适用二年追责时效；
     
   • 若违法行为涉及水污染、堤防安全等可能危害公共安全的领域，可能适用五年追责时效。

2. 行政处罚的办案期限
   若违法行为已被发现，水行政主管部门需在法定期限内完成调查并作出处罚决定：

   • 一般程序：根据《水行政处罚实施办法》，自立案之日起90日内作出处罚决定（经负责人批准可延长30日）；
     
   • 听证程序：若企业申请听证，期限可能进一步延长，但总时长通常不超过6个月；
     
   • 简易程序：对事实清楚、情节轻微的违法行为（如未按规定报送数据），可当场作出处罚决定。

3. 特殊情形的时效中断
   若违法行为在追责时效内因以下原因中断，时效重新计算：

   • 企业主动纠正违法行为（如补办取水许可）；
     
   • 水行政主管部门已立案调查但未结案；
     
   • 违法行为处于连续或持续状态（如长期非法取水）。

建议：若企业收到水行政主管部门的《责令停止违法行为通知书》或《行政处罚事先告知书》，需重点关注：

• 违法行为发生时间是否超过追责时效；
  
• 处罚程序是否合法（如是否超期、是否保障听证权利）；
  
• 证据是否充分（如取水量监测记录、现场勘验笔录等）。
  

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合《水法》《防洪法》等法规为您分析风险点。