物业是否有权利清理业主种的菜，需根据具体情况来判断，但总体上，若该行为违反了相关法律法规或物业服务合同的约定，且损害了全体业主的共同利益，物业是有权进行管理和清除的。以下从不同角度进行分析：
一、楼顶或公共区域使用权归属的法律依据与分析
专有使用权情况：
- 若业主通过购房合同、产权登记等合法方式取得了特定区域（如顶层露台且合同中明确约定归该业主使用）的专有使用权，则业主对该区域享有一定的自主使用和处分权。
- 在此情况下，只要业主的种菜行为不违反法律法规且不损害其他业主合法权益，物业一般无权擅自清除。但这种情况较为特殊，且需有明确的合同约定或产权登记作为依据。
共有部分情况：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，小区内的公共区域（如楼顶、绿地等）属于全体业主的共有部分，业主对共有部分享有共有和共同管理的权利。
- 若业主未经全体业主同意，擅自在共有部分种菜，这属于改变公共建筑和共用设施用途的行为，违反了《物业管理条例》的相关规定。在此情况下，物业有权进行制止和清除。
二、物业公司权利与义务的法律依据
权利：
- 物业公司对于违反规定在共有部分种菜的行为有权制止，并要求违规业主停止侵权行为、恢复原状。
- 如违规业主拒不改正，物业公司可向相关部门投诉或提起诉讼，维护全体业主的合法权益。
义务：
- 物业公司需对物业管理区域内违反治安、环保、装饰装修和使用等方面法律、法规规定的行为进行制止，并及时向有关行政管理部门报告。
- 在处理此类纠纷时，物业公司应确保过程合法合规，避免侵犯业主的合法权益。
三、实际操作建议与流程
调查取证：
- 物业公司应首先对业主种菜的情况进行详细调查，包括拍摄照片、记录视频等，以收集充分证据。
- 同时，走访相关业主，了解他们的意见和建议，确保处理过程的公正性和透明度。
法律咨询与明确规定：
- 物业公司应聘请法律顾问或咨询相关法律问题，明确共有部分的产权归属和使用规定。
- 向全体业主发出通知，明确告知共有部分的产权归属、使用规定以及违规种菜的后果。
制止与清除：
- 对于违规种菜行为，物业公司应先尝试通过沟通、协商等方式要求业主自行清理。
- 如业主拒不清理，物业公司可依据相关法律法规和物业服务合同的约定进行强制清除，但应确保过程合法合规，避免引发不必要的纠纷。
四、可能的法律后果
- 若业主的种菜行为确实违反了相关法律法规或物业服务合同的约定，且损害了全体业主的共同利益，物业有权进行管理和清除。
- 若业主认为物业的清除行为侵犯了其合法权益，可通过法律途径进行维权，如提起诉讼或申请仲裁等。但在此过程中，业主需承担举证责任，证明物业的清除行为确实存在过错或违法行为。
总结来说，物业是否有权清理业主种的菜，需根据具体情况来判断。若业主在共有部分种菜且未经全体业主同意，物业是有权进行管理和清除的。但物业在处理过程中也应确保合法合规，维护全体业主的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。