针对您提出的“合同背离招标文件实质性内容怎么处理”的问题，这是一个涉及招投标法律及合同管理的重要议题。以下我将从法律规定、不能更改的原因以及例外情况三个方面，为您详细解答。
法律规定
根据《中华人民共和国招标投标法》的相关规定：
- 第四十六条明确指出，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。并且，招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
- 第五十九条进一步规定，如果招标人与中标人不按照招标文件和中标人的投标文件订立合同，或者订立背离合同实质性内容的协议，相关部门将责令改正，并可以处中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款。
不能更改的原因
维护招投标活动的公平性和严肃性：
- 招投标活动旨在通过公开、公平、公正的程序选择最优中标者。如果允许合同随意更改招投标文件的实质性内容，将破坏这一公平竞争的原则，对其他遵守规则的投标人造成不公平。
保障合同履行和项目顺利实施：
- 招投标文件中的实质性内容，如工程范围、技术要求、价格条款等，是合同双方权利和义务的基础。随意更改这些内容可能导致合同履行过程中的纠纷，影响项目的顺利进行。
防止腐败和不正当交易的发生：
- 严格禁止更改招投标文件的实质性内容，有助于防止招标方与中标方之间的不正当交易和腐败行为。如果允许随意更改，可能为权力寻租提供空间，损害国家利益和社会公共利益。
例外情况（需符合法定程序）
尽管一般情况下合同不得背离招标文件的实质性内容，但在某些特殊情况下，经过法定程序可以对合同进行补充或修改。这些例外情况主要包括：
因不可抗力或政策调整等原因需要变更：
- 如因政府出台新政策、自然灾害等不可抗力因素导致原合同无法履行或需要调整时，双方可以按照法律规定的程序和方式对合同内容进行相应变更。但这种变更必须是为了适应客观情况的变化，且不得损害国家利益和社会公共利益。
经双方协商一致并履行审批手续：
- 在一些复杂项目中，可能出现招投标阶段无法预见的情况，需要双方对合同内容进行协商变更。但这种变更必须经过严格的审批程序，确保变更的合法性和合理性。例如，在科研项目中因技术突破需要调整研究方案时，双方可以协商变更合同内容，但需报相关主管部门批准。
处理建议：
- 如果发现合同背离了招标文件的实质性内容，首先应立即停止相关合同的执行或签署，并仔细审查合同条款与招标文件之间的差异。
- 接着，与中标方进行沟通协商，了解背离的原因和背景，并尝试通过友好协商的方式解决问题。
- 如果协商无果或背离情况严重，应及时向相关部门报告并寻求法律援助，以维护自身合法权益和招投标活动的公平性和严肃性。
希望以上解答能对您有所帮助。如有其他疑问或需要进一步的法律咨询，请随时告知。