结论：您描述的这种行为，即对方用公司账户转账给您，您开票后将钱转给对方私人账户，存在被税务部门查处的风险，且可能涉及多种法律问题。
详细分析：
税务合规性角度：
- 资金流向与发票开具：在正常的商业交易中，资金应通过公司账户进行流转，且发票的开具应与实际交易相符。您描述的情况中，资金从公司账户转出，最终却进入了个人账户，而发票却是由您开具给对方公司，这种资金流向与发票开具的不一致，很容易引起税务部门的注意。
- 税务风险：税务部门在核查时，可能会认为这种交易存在隐瞒收入、偷逃税款等违法行为。一旦查实，您可能需要补缴税款、滞纳金，甚至面临罚款等法律责任。
公司法与财务管理角度：
- 公司资金管理：公司资金应严格按照公司财务管理制度进行使用和管理。将公司资金转入个人账户，可能违反了公司的财务管理规定，甚至可能构成挪用资金等违法行为。
- 法律责任：如果这种行为被公司发现，您可能需要承担内部纪律处分或法律责任。同时，如果对方公司因此遭受损失，您还可能面临民事赔偿等法律后果。
反洗钱与金融监管角度：
- 反洗钱规定：金融机构和相关部门对资金流转有着严格的监管要求，以防止洗钱等违法行为。您描述的这种资金流转方式，可能被视为异常交易，从而触发反洗钱机制的调查。
- 金融监管风险：一旦被认定为异常交易，您可能需要配合相关部门的调查，提供交易背景、资金来源等证明材料。如果无法提供充分证明，可能会面临资金被冻结、账户被关闭等风险。
建议：
- 立即停止此类行为：为了避免潜在的法律风险和税务风险，建议您立即停止这种资金流转方式。
- 规范交易流程：确保所有交易都通过公司账户进行，且发票开具与实际交易相符。如果确实需要个人账户参与交易，应提前与对方公司沟通并明确相关责任和义务。
- 咨询专业意见：如果您对具体的税务处理或公司财务管理存在疑问，建议咨询专业的税务顾问或律师，以确保您的交易行为合法合规。
后续行动：
- 如果您已经进行了此类交易，建议您尽快整理相关交易记录、发票等证明材料，以备不时之需。
- 如果您担心因此受到税务部门或相关部门的调查，可以主动向相关部门说明情况，并配合调查工作。
总之，这种资金流转方式存在较大的法律风险和税务风险，建议您谨慎对待并尽快采取措施加以规范。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。