结论：商品房以物抵债协议能否排除查封，取决于多个法定条件和实际情况的综合考量。一般而言，仅达成以物抵债协议并不足以直接排除查封，必须满足特定的法律要求和条件。

一、能够排除查封的情形

1. 抵债行为先于查封措施完成

   • 如果以物抵债协议签订并实际履行完毕，且这一行为早于法院对该房屋采取查封、扣押、冻结等执行措施，同时满足其他相关法律规定（如已完成房屋的交付及产权变更登记手续），那么该抵债行为可能会得到法院的支持，从而排除查封。此时，房屋已不再属于原债务人可供执行的财产范围。

2. 实际占有使用且符合权益保护规定

   • 即使未完成产权变更登记等手续，但如果抵债人已经实际占有并使用该抵债房屋，且对未办理过户登记不存在过错，同时其对抵债房屋享有的权益满足一定的法定条件（如实际居住人权益保护等），也可能排除查封。例如，抵债人在协议签订后一直居住在抵债房屋内，且因非自身原因（如开发商问题）导致未能及时办理房产证，法院可能基于保护实际居住人权益等因素，裁定排除对该房屋的执行。

二、不能排除查封的情形

1. 存在恶意串通等违法情形

   • 如果经审查发现以物抵债协议是债务人和第三人为了逃避债务、损害申请执行人等债权人利益而恶意串通签订的，该协议将被认定无效，无法排除查封。

2. 仅签订协议但未实际履行

   • 仅仅达成了以物抵债的书面协议，但并未实际交付抵债房屋或办理相应的产权变更等手续，抵债行为尚未完成，那么不能阻止法院对原属于债务人财产的查封。

3. 法院认为不公平的调整或不认可

   • 在某些情况下，即使以物抵债行为看似符合上述条件，但如果法院认为该行为存在不公平之处，或者对申请执行人的权益造成了不当损害，法院有权对以物抵债行为进行调整甚至不予认可，从而继续执行原债务人的财产。

三、综合考量因素

在判断商品房以物抵债协议能否排除查封时，法院会综合考虑多方面因素，包括但不限于以物抵债协议的真实性、合法性、履行情况、当事人的主观状态以及是否损害了他人的合法权益等。

四、法律建议

1. 确保协议合法有效：在签订以物抵债协议时，务必确保协议的合法性、真实性和有效性，避免存在恶意串通等违法情形。
2. 尽快完成物权变动手续：为降低法律风险，建议尽快完成房屋的交付及产权变更登记手续，确保房屋在法律上归属于抵债人。
3. 保留相关证据：在协议履行过程中，保留好相关证据（如交付凭证、过户手续等），以备不时之需。
4. 及时咨询专业意见：如果面临查封等法律问题，应及时向我咨询，以获取针对性的法律建议和帮助。

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