结论：过年放13天假，扣了五天年假工资是否合理，这主要取决于公司的放假安排是否符合法律法规，以及年假工资的扣除是否遵循了相关规定。以下从不同角度进行分析：
一、公司放假安排与法律法规的符合性
法定节假日与年假的关系：
- 过年（春节）通常包含法定节假日和可能的调休日。根据《全国年节及纪念日放假办法》，春节放假3天（农历正月初一、初二、初三）。如果公司放假13天，那么超出的天数可能是公司自行安排的年假、调休或其他假期。
- 如果公司放假13天中包含了法定节假日和年假，且年假部分是员工应享有的，那么公司无权因放假而扣除年假工资，除非员工同意或公司有合法合理的规章制度规定。
公司规章制度的合法性：
- 公司规章制度中关于年假和工资的规定必须合法合理，且不得违反法律法规的强制性规定。如果公司规章制度中明确规定了过年放假期间扣除年假工资的情况，且该规定不违反法律法规，那么公司可能有权这样做。但即便如此，公司也应确保员工在入职时或规章制度变更时已知悉并同意该规定。
二、年假工资扣除的合法性
年假工资的计算与支付：
- 根据《企业职工带薪年休假实施办法》，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。如果公司因放假而扣除年假工资，这实际上可能剥夺了员工应享有的工资待遇。
扣除年假工资的合法情形：
- 一般情况下，公司无权随意扣除员工的年假工资。除非员工存在严重违反公司规章制度、旷工等情形，且公司规章制度中明确规定了相应的处罚措施，包括扣除年假工资。但即便如此，扣除的金额和方式也应合法合理，不得侵犯员工的合法权益。
三、具体建议
核查公司规章制度：
- 员工应首先核查公司的规章制度，了解关于年假和工资的具体规定。如果规章制度中未明确规定过年放假期间扣除年假工资的情况，或者该规定违反法律法规，那么员工有权拒绝扣除。
与公司协商：
- 如果员工对公司的做法有异议，可以与公司进行协商，要求公司解释扣除年假工资的原因和依据。如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
保留证据：
- 员工应保留好与公司沟通的相关证据，如聊天记录、邮件、工资条等，以便在需要时维护自己的合法权益。
举例说明：假设公司规章制度中未规定过年放假期间扣除年假工资，且员工在过年期间并未旷工或违反公司规章制度，那么公司扣除五天年假工资的做法很可能是不合理的。员工可以与公司协商要求补发工资，或者向劳动监察部门投诉申请劳动仲裁。
总结：过年放13天假扣了五天年假工资是否合理，取决于公司的放假安排是否符合法律法规以及年假工资的扣除是否遵循了相关规定。如果员工对此有异议，建议核查公司规章制度、与公司协商并保留好相关证据。如有需要，可以直接向我咨询相关法律问题。