结论前置：员工在营业执照注销已提交的情况下，仍然可以申请劳动仲裁，但具体能否获得支持需根据实际情况判断。

详细分析：

1. 劳动仲裁的申请资格：

   • 劳动仲裁是员工与用人单位之间因劳动争议而寻求法律救济的一种方式。只要员工认为自己的劳动权益受到侵害，且该争议属于劳动仲裁的受理范围，就有权申请劳动仲裁。
   • 营业执照的注销状态并不直接影响员工申请劳动仲裁的资格。即使用人单位已经提交了营业执照注销申请，但在注销程序完成前，该用人单位仍然被视为存在，员工与其之间的劳动争议仍然可以通过劳动仲裁解决。

2. 营业执照注销对劳动仲裁的影响：

   • 如果营业执照注销程序已经完成，用人单位的主体资格将消灭，此时员工可能面临无法直接向原用人单位主张权利的问题。但即便如此，员工仍然可以尝试通过劳动仲裁向用人单位的出资人、股东或实际控制人等主张权利，具体取决于实际情况和法律规定。
   • 在营业执照注销过程中，如果用人单位存在未了结的劳动争议，劳动仲裁机构仍然可以受理员工的仲裁申请，并根据实际情况作出裁决。裁决的执行可能会因用人单位的注销而面临一定困难，但这并不影响仲裁申请的受理和裁决的作出。

3. 实际操作建议：

   • 对于员工而言，如果发现用人单位正在或已经提交了营业执照注销申请，且自己存在未了结的劳动争议，应尽快向劳动仲裁机构申请仲裁，以避免因用人单位注销而导致权利无法主张。
   • 在申请仲裁时，员工应提供充分的证据证明自己的劳动权益受到侵害，以及用人单位存在违法行为或未履行法定义务的事实。
   • 如果用人单位已经注销或面临注销，员工还可以考虑向相关部门（如市场监管部门、税务部门等）查询用人单位的注销情况、出资人或股东信息等，以便在仲裁或诉讼中更好地维护自己的权益。

法律背景：

• 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，员工与用人单位之间因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议，属于劳动仲裁的受理范围。
• 营业执照的注销是用人单位主体资格消灭的一种方式，但并不影响员工在注销前已经产生的劳动争议的解决。

可能后果：

• 如果员工及时申请劳动仲裁并获得支持，但用人单位已经注销且无财产可供执行，员工可能面临执行困难的问题。此时，员工可以尝试向用人单位的出资人、股东或实际控制人等主张权利，或者通过其他法律途径寻求救济。
• 如果员工未及时申请劳动仲裁，导致用人单位注销后无法主张权利，员工可能会因此遭受经济损失。

总结与建议： 员工在营业执照注销已提交的情况下，仍然可以申请劳动仲裁以维护自己的劳动权益。但为了确保权利的有效主张和执行，建议员工尽快行动，并提供充分的证据支持自己的仲裁申请。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。