员工提交劳动仲裁后，公司理论上仍然可以申请注销，但这一过程存在法律限制与风险，需谨慎处理。以下从不同角度为您详细分析：
一、公司注销的法定程序与劳动仲裁的关系
公司注销需依法定程序进行，包括清算等环节。在劳动仲裁过程中，若公司被要求承担相应责任，这并不影响其按照规定完成注销流程。但关键在于，公司注销前必须依法进行清算，妥善处理包括劳动争议在内的各类债权债务。若公司未经清算即注销，导致员工仲裁权益无法实现，员工可要求有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任。
二、公司注销可能面临的法律风险
清算义务未履行：若公司注销前未妥善处理劳动仲裁事务，劳动者可向清算组主张权利，清算组可能需承担相应责任。
恶意注销逃避责任：若公司故意注销以逃避劳动仲裁责任，属于恶意注销，劳动者可通过法律途径追究相关责任人的法律责任。这可能包括行政处罚，情节严重的，相关责任人还可能承担刑事责任。
股东连带责任：股东未依法履行清算义务就注销公司，损害劳动者权益的，要对公司债务承担连带清偿责任。
三、员工如何维护自身权益
追加被执行人：若公司注销后，劳动者的权益仍未得到完全保障，比如还有未支付的工资、经济补偿等，劳动者可以通过申请追加公司股东、清算组成员为被执行人等方式来维护自身权益。
向清算组主张权利：在公司注销前，若劳动者发现公司未妥善处理劳动仲裁事务，可及时向清算组主张权利，要求清算组承担相应责任。
法律途径追究责任：若公司恶意注销以逃避责任，劳动者应果断通过法律途径追究相关责任人的法律责任，维护自身合法权益。
四、实际操作建议
公司应依法清算：公司在注销前，应依法进行清算，妥善处理包括劳动争议在内的各类债权债务，确保劳动者的权益得到保障。
劳动者应密切关注公司动态：在劳动仲裁期间，劳动者应密切关注公司的动态，包括是否进入注销程序等，以便及时采取措施维护自身权益。
寻求专业法律帮助：面对复杂的劳动仲裁和公司注销问题，劳动者可寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到最大程度的保障。
总结来看，虽然员工提交劳动仲裁后公司理论上可以申请注销，但这一过程必须依法进行，且存在诸多法律限制与风险。公司应谨慎处理相关法律事务，确保劳动者的权益得到保障。劳动者也应密切关注公司动态，及时采取措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。