结论前置：公司擅自使用员工身份证办理营业执照是违法的，不仅违反了相关法律法规，还对员工和公司均带来严重的法律和道德风险。以下从多个角度进行详细分析：
法律层面分析
违法性与处罚：
- 营业执照是企业合法经营的凭证，其登记事项必须真实、准确。公司若使用员工身份证办理营业执照，且员工并非实际经营者或与该经营活动无真实关联，则构成提交虚假材料或隐瞒重要事实的行为。根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》的相关规定，此类行为将面临责令改正、没收违法所得，并处以5万元至100万元不等的罚款，甚至吊销营业执照的严厉处罚。
对员工的法律风险：
- 法定代表人风险：若员工被登记为法定代表人，将需对公司行为和债务承担法律责任，包括可能的行政处罚和刑事责任。例如，如果公司因违法行为被罚款或承担刑事责任，作为法定代表人的员工也可能受到牵连。
- 信用风险：营业执照涉及的问题可能影响员工个人信用记录，进而影响金融信贷、出行、就业等方面。一旦个人信用受损，将给员工的生活和工作带来诸多不便。
对员工权益的侵犯：
- 公司未经员工充分知情和同意，擅自使用其身份证办理营业执照，侵犯了员工的知情权和选择权。员工有权知道自己的身份信息被用于何种目的，并有权决定是否同意。
- 员工可能因此陷入不必要的经济纠纷和法律诉讼中，耗费大量时间和精力。例如，如果公司因经营不善而欠债，债权人可能会将员工列为共同被告，要求其承担还款责任。
道德与商业信誉分析
- 道德风险：此类行为违背了诚信原则和商业道德，损害了员工的个人权益和社会的公共利益。公司作为市场主体，应当遵守法律法规和商业道德，维护市场秩序和公平竞争。
- 商业信誉损害：一旦被发现，公司将面临严重的法律制裁和行政处罚，同时其商业信誉和声誉也将受到严重损害。商业信誉是公司的重要资产之一，一旦受损，将影响公司的长期发展和市场竞争力。
应对措施
员工方面：
- 明确拒绝与保留证据：员工发现公司有此行为时，应明确拒绝并要求停止使用其身份证。同时，保留好与公司沟通的相关证据，如聊天记录、邮件等。这些证据在后续维权过程中将起到重要作用。
- 向相关部门反映：若公司不听劝阻，员工应向当地市场监督管理部门反映情况，请求依法查处公司的违法行为。市场监督管理部门是负责市场主体登记管理的部门，有权对违法行为进行查处。
公司方面：
- 合法合规经营：公司应严格遵守相关法律法规，按照规定的程序和要求办理营业执照，不得冒用他人身份信息。合法合规经营是公司长期发展的基础，也是维护市场秩序和公平竞争的必要条件。
- 加强内部管理：确保员工的个人信息得到妥善保护和使用，避免类似违法行为的发生。公司应建立健全内部管理制度，加强对员工个人信息的保护和管理，防止信息泄露和滥用。
总结与建议：公司擅自使用员工身份证办理营业执照是违法且不道德的行为，对员工和公司均带来严重的法律风险和道德风险。作为员工，应积极维护自身权益，明确拒绝公司的违法行为，并保留好相关证据以便后续维权。作为公司，应遵守法律规定，合法合规经营，加强内部管理，确保员工的个人信息得到妥善保护和使用。如果您或您的公司遇到类似问题，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律建议和帮助。