在签订了合作合同（这里可能您实际指的是劳务合同，但为全面解答，我将基于劳动关系证明的角度进行阐述）的情况下，要证明实际存在劳动关系，确实需要综合多方面的证据来构建一个完整的证据链。以下是一些详细且深入的步骤和建议，帮助您有效证明劳动关系的存在：
一、确认主体资格
首先，要确认用人单位和劳动者双方都具备合法的主体资格。用人单位需要是依法成立并具有合法用工主体资格的组织，如企业、个体经济组织等，这可以通过工商登记信息、组织机构代码证等证据来证明。劳动者则需要达到法定就业年龄，具备劳动能力且未享受基本养老保险待遇，身份证、户口本等身份证明材料是必要的。
二、收集劳动管理与从属关系的证据
- 考勤记录：保留电子打卡记录、纸质签到表或加班审批单等，这些都能体现您的出勤情况以及接受用人单位管理的事实。
- 工作安排与指令：保存工作任务分配单、电子邮件指令、项目计划等文件，这些能证明您是按照用人单位的指挥来完成工作任务的。
- 工作汇报与反馈：工作报告、总结以及领导的批示等，也是证明您与用人单位之间存在管理与被管理关系的重要证据。
- 规章制度执行：奖惩通知、违规处理记录等，表明您遵守了用人单位的规章制度，并受到了其约束。
三、证明劳动报酬支付
- 银行工资流水：这是最直接证明劳动报酬支付的证据，能显示支付时间、金额以及支付方。
- 工资条：作为辅助证据，工资条能证明工资的构成及支付情况，与银行流水相互印证。
- 支付备注：在电子支付记录中，如果备注了“工资”等字样，也能明确款项的性质为劳动报酬。
四、展示劳动条件与保护
- 劳动工具提供：领取工作工具的签字记录、设备采购合同等，能证明用人单位为您提供了工作条件。
- 劳动保护用品：发放记录如领取签字表，能证明用人单位履行了劳动保护责任。
- 工作场所证据：出入证、门禁卡、工作场所的照片或视频等，能证明您在用人单位指定的地点工作。
五、提供社会保险与福利待遇的证据
- 社保缴纳记录：这是直接证明劳动关系的重要证据，能显示缴费时间、基数等信息。
- 住房公积金缴纳：与社保类似，也能证明劳动关系及用人单位的缴存责任。
- 福利待遇享受：带薪年假申请、节日福利领取记录等，能证明您享受了用人单位提供的福利。
六、收集其他关键证据
- 工作证件：如工作证、服务证、胸卡等，能证明您的身份及工作岗位。
- 招用记录：招工招聘登记表、报名表等，能证明您的入职时间及基本信息。
- 同事证言：真实、客观的同事证言，能相互印证您的工作情况及劳动关系。
- 工作文件与邮件：与工作相关的文件、邮件往来等，能体现您的工作内容及业务联系。
- 单位规章制度知晓：如果您能证明自己了解并遵守了单位的规章制度，这也能从侧面证明劳动关系的存在。
七、构建完整的证据链
在证明劳动关系时，应尽可能收集多种类型的证据，并确保它们之间能够相互印证，形成一个完整的证据链。这样不仅能增强证明力，还能更有效地说服相关机构或法院认可劳动关系的存在。
综上所述，即使签订了合作合同（或劳务合同），通过综合运用上述多方面的证据，您仍然可以有效证明实际存在的劳动关系。对于劳动者而言，及时保存和收集这些证据至关重要，以备不时之需。