结论前置：教育机构合同中约定了仲裁条款的情况下，学员通常不能直接通过民事诉讼进行退费，但存在例外情形。以下从不同角度进行分析：
仲裁条款的效力
仲裁条款的独立性：根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，仲裁条款具有独立性，即仲裁条款不因主合同的无效而无效。这意味着，一旦合同中约定了仲裁条款，且该条款本身合法有效，那么双方就合同纠纷的解决方式就应当通过仲裁来进行，而非诉讼。
仲裁条款的排他性：仲裁条款通常具有排他性，即双方约定通过仲裁解决纠纷后，就排除了法院对同一纠纷的管辖权。因此，在合同中明确约定了仲裁条款的情况下，学员一般不能直接向法院提起民事诉讼要求退费。
例外情形
仲裁条款无效：如果仲裁条款本身存在无效情形，如约定仲裁机构不明确、仲裁事项超出法律规定的仲裁范围等，那么该仲裁条款可能被认定为无效。此时，学员可以向法院提起民事诉讼要求退费。
双方达成新的协议：如果双方在合同履行过程中或纠纷发生后，就纠纷的解决方式达成了新的协议，且该协议明确排除了仲裁条款的适用，那么学员可以根据新的协议向法院提起民事诉讼。
一方起诉时未声明有仲裁协议：根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，如果一方起诉时未声明有仲裁协议，而另一方在首次开庭前未对法院受理该案提出异议的，视为放弃仲裁协议，法院可以继续审理。但这种情况较为特殊，且需要另一方在首次开庭前未提出异议作为前提条件。
法律建议
审查仲裁条款：学员在签订合同时，应仔细审查合同中的仲裁条款，确保其明确、合法且有效。如果对仲裁条款存在疑问或不确定其效力，可以咨询专业律师进行评估。
考虑协商解决：在纠纷发生后，学员可以尝试与教育机构进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。协商解决不仅效率高，而且成本较低，有助于维护双方的关系。
及时寻求法律帮助：如果协商无果，且学员认为仲裁条款存在无效情形或双方已达成新的协议排除了仲裁条款的适用，那么学员应及时寻求法律帮助，向法院提起民事诉讼要求退费。
举例说明：假设学员与教育机构签订了一份培训合同，合同中明确约定了“因本合同产生的任何争议，均应提交至XX仲裁委员会进行仲裁”。在合同履行过程中，学员认为教育机构存在违约行为，要求退费。此时，由于合同中明确约定了仲裁条款，且该条款合法有效，因此学员应当通过仲裁来解决纠纷，而不能直接向法院提起民事诉讼。但如果学员发现仲裁条款存在无效情形（如约定仲裁机构不明确），或者双方在纠纷发生后达成了新的协议排除了仲裁条款的适用，那么学员就可以根据具体情况选择向法院提起民事诉讼。
最后，如果你在教育机构合同纠纷中遇到任何问题，或者对仲裁条款的效力、适用等存在疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。