运行班工作超过12小时是否违反劳动法规定，需结合具体工时制度、加班审批程序、加班费支付以及劳动者休息休假权利保障等多方面因素综合判断。在一般情况下，未经合法审批且未支付相应加班费的长时间工作是违法的；但在特殊工时制下或特定紧急情况下，可能存在例外。
一、一般情形下的法律规定与解读
法定工作时间：
- 根据《劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。同时，《国务院关于职工工作时间的规定》第三条也明确，职工每日工作8小时，每周工作40小时。若用人单位安排劳动者每天工作超过八小时，且未经过合法的审批程序和相应的调休、补偿措施，则违反了上述法律规定。
加班限制：
- 即便因生产经营需要安排加班，也应遵循《劳动法》第四十一条的规定，即一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。若超出此限制，则可能构成违法。
二、特殊情形下的合法性分析
综合计算工时工作制：
- 对于部分因工作性质特殊或受季节及自然条件限制，需连续作业的企业，经劳动行政部门批准，可实行综合计算工时工作制。在此制度下，平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。例如，若企业以年为周期计算工时，只要全年工作时间总和不超过法定标准（约2000小时），在旺季安排每天工作12小时就不违法。但需注意，超出综合计算周期内总工时的部分，应视为延长工作时间，并按规定支付加班费。
不定时工作制：
- 对于高级管理人员、外勤人员、推销人员等因工作无法按标准时间衡量的职工，经劳动行政部门审批，可实行不定时工作制。在此制度下，工作时间不受每日8小时、每周40小时的限制，因此安排12小时工作制也不违法。但用人单位同样要保障职工的休息休假权利，并在法定节假日安排职工工作时按规定支付加班工资。
特定紧急情况下的加班：
- 根据《劳动法》第四十二条的规定，在发生自然灾害、事故或者因其他原因威胁劳动者生命健康和财产安全需要紧急处理，以及生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障影响生产和公众利益必须及时抢修等情形下，延长工作时间可以不受一般加班限制的约束。但这种情况属于例外，且需确保劳动者的身体健康和安全。
三、加班费的支付规定
- 无论何种情形下安排加班，用人单位都应按照《劳动法》第四十四条的规定支付加班费。具体标准为：安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
四、劳动者的权益保护
- 如果工作安排超出了法定标准或未支付相应加班费，劳动者应与雇主沟通，寻求合理解决方案。必要时，劳动者可向当地劳动保障部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
总结来说，运行班工作超过12小时是否违反劳动法规定，需根据具体的工作安排、审批程序、补偿措施等因素综合判断。在一般情况下，未经合法审批和补偿的长时间工作是违法的；但在特定情形下，如符合综合计算工时工作制、不定时工作制或法律规定的加班条件，并支付了相应加班费，则可能不构成违法。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。