不同村集体之间的土地纠纷，乡镇人民政府是有权撰写行政调解协议书的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

法律依据

根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理。虽然该条款主要提及的是县级以上人民政府，但在实际操作中，对于村集体之间的土地纠纷，乡镇人民政府作为基层政府，也经常承担调解职责，并可以撰写行政调解协议书来记录调解结果。此外，《中华人民共和国人民调解法》也规定了人民调解委员会可以调解民间纠纷，并制作调解协议书。虽然该法主要针对的是人民调解委员会，但乡镇人民政府在调解土地纠纷时，可以参照类似的原则和程序进行。

实际操作

1. 调解程序：乡镇人民政府在接到不同村集体之间的土地纠纷后，会组织双方进行调解。调解过程中，乡镇人民政府会听取双方的陈述和证据，进行必要的调查和核实，然后提出调解方案。
2. 协议书撰写：如果双方同意调解方案，乡镇人民政府会撰写行政调解协议书，明确双方的权利和义务，以及纠纷的解决方式和期限等。该协议书具有法律效力，双方应当遵守。
3. 法律效力：行政调解协议书一旦签署，即具有法律约束力。如果一方不履行协议书中的义务，另一方可以向人民法院提起诉讼，要求对方履行或承担相应的法律责任。

注意事项

1. 调解的自愿性：调解应当基于双方自愿的原则进行。如果一方不同意调解或调解结果，乡镇人民政府不能强制其接受。
2. 协议书的合法性：行政调解协议书的内容必须合法，不得违反法律法规的强制性规定。否则，该协议书可能被认定为无效。
3. 后续执行：虽然行政调解协议书具有法律效力，但如果一方不履行，另一方仍需要通过法律途径来维护自己的权益。因此，在签署协议书前，双方应当充分考虑后续执行的可能性。

特殊情况

如果不同村集体之间的土地纠纷涉及复杂的法律问题或历史遗留问题，乡镇人民政府可能无法直接调解成功。在这种情况下，乡镇人民政府可以引导双方通过法律途径解决纠纷，如向人民法院提起诉讼或申请仲裁等。

总结与建议：不同村集体之间的土地纠纷，乡镇人民政府是有权且经常承担调解职责的，并可以撰写行政调解协议书来记录调解结果。但双方在签署协议书前应当充分考虑其合法性和后续执行的可能性。如果遇到复杂的法律问题或历史遗留问题，建议及时咨询专业律师或寻求法律途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。