合同一方最初未盖章但后面补盖了章，合同通常是有效的，但具体还需根据合同内容、双方行为及相关法律法规综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、一般原则：补盖公章后合同的有效性
在大多数情况下，如果合同一方最初未盖章，但后续补盖了公章，且该补盖行为得到了合同另一方的认可或接受，那么合同可以视为有效。这是因为公章的补盖表明了公司对合同内容的确认和接受，符合《中华人民共和国民法典》中关于合同成立和生效的相关规定。具体来说，根据《民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。补盖公章可以视为对合同成立的追认。
二、特殊情形下合同的有效性
合同中有特别约定：
- 如果合同中明确约定了“本合同自双方加盖公章之日起生效”或类似条款，且一方最初未盖章，但后续补盖了公章，那么合同在补盖公章后生效。
- 实例说明：如甲乙双方签订了一份买卖合同，合同中约定“本合同自双方加盖公章之日起生效”。甲公司最初未盖章，但后续补盖了公章，乙公司也接受了这一行为，那么合同在甲公司补盖公章后生效。
一方已履行主要义务且对方接受：
- 即使合同最初未盖章，但如果一方已经履行了合同的主要义务，且另一方接受了这种履行，那么合同也可以视为有效。补盖公章在这一情况下可以进一步确认合同的效力。
- 实例说明：如甲公司与乙公司签订了一份货物买卖合同，甲公司虽未盖章但直接交付了货物，乙公司接收并使用。后续甲公司补盖了公章，此时合同视为有效，且补盖公章的行为进一步确认了合同的效力。
表见代理或类似情形：
- 如果行为人虽无代理权、超越代理权或代理权已终止，但以被代理人名义订立合同，且相对人有理由相信行为人有代理权的，该代理行为有效，合同对公司产生效力。补盖公章在这一情况下可以视为对代理行为的追认。
- 实例说明：如员工A曾长期代表甲公司与合作方签订合同，后被取消代理权但未通知合作方。A再次以甲公司名义签订合同，合作方有理由相信其有代理权。后续甲公司补盖了公章，此时合同对甲公司有效。
三、注意事项与建议
审查合同内容：
- 在补盖公章前，应仔细审查合同内容，确保合同条款明确、合法，且符合双方的真实意愿。
保留补盖公章的证据：
- 补盖公章时，应保留好相关证据，如补盖公章的书面记录、双方沟通记录等，以备不时之需。
及时沟通确认：
- 在补盖公章前，应与合同另一方进行及时沟通，确认对方对补盖公章的行为无异议，并保留好沟通记录。
遵循法律法规：
- 在补盖公章的过程中，应遵循相关法律法规的规定，确保补盖行为的合法性和有效性。
总结来说，合同一方最初未盖章但后面补盖了章，合同通常是有效的。但具体还需根据合同内容、双方行为及相关法律法规综合判断。如果您对某个具体合同的效力存在疑问，或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。