合同后来盖章，在一般情况下是有效的，但其法律效力需结合盖章的真实性、合法性、权限以及合同内容等多方面因素进行综合评估。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、合同盖章有效的基本情形
主体适格且意思表示真实：
- 当合同当事人具备相应的民事行为能力，且盖章行为是其真实意愿的表示，同时合同内容不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗时，该盖章行为通常有效。例如，两家企业在平等协商后，就合作事宜签订合同并后续加盖公章，此合同一般具有法律效力。
符合法定形式要求：
- 对于法律或行政法规规定应当采用书面形式并盖章的合同，只要按照规定进行了盖章，且满足其他有效要件，合同即具有法律效力。如建设工程合同等，通常需要书面形式并加盖双方公司公章。
签字与盖章的结合：
- 在实践中，为确保合同效力的无争议性，建议同时具备签字和盖章环节，尤其是涉及重大权益的合同。这进一步明确了双方的合意及责任承担，有助于避免后续纠纷。
二、合同盖章可能无效或存在瑕疵的情形
盖章主体不合法：
- 若盖章的主体不是合同的当事人，或未得到当事人的合法授权，该盖章行为可能无效。例如，私自盗用公司公章签订的合同，未经公司追认则对公司不产生法律效力。
印章本身存在问题：
- 使用伪造、变造或已作废的印章签订的合同通常是无效的。此外，若涉嫌刑事犯罪，伪造方还需承担相应刑事责任。
盖章存在瑕疵：
- 如盖章不清晰、与合同主体不一致等，可能需要进一步核实和确认合同的效力。这种情况下，法院可能会根据合同履行情况、双方交易习惯等综合判断合同是否成立生效。
盖章样式不符合约定：
- 若未按合同要求加盖公章而使用了业务章等其他印章，在双方认可该盖章效力的情况下，合同通常有效；若产生争议，则需法院综合判断。
意思表示不真实：
- 如果盖章是在受到欺诈、胁迫等违背真实意思的情况下进行的，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销该合同。
合同内容非法：
- 合同内容若违反法律法规强制性规定，或合同签订过程中存在欺诈、胁迫、重大误解等行为，即使已经盖章，该合同也可能被判定为无效。
三、特殊情形下的合同盖章效力
合同修改后盖章：
- 如果合同在签订后需要修改，修改后的盖章是否有效取决于修改是否经过双方协商一致，以及修改内容是否符合相关法律法规的规定。双方协商一致并盖章确认的修改是有效的；未经对方同意的擅自修改则可能无效。
合同未盖章但已实际履行：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。因此，即使合同未盖章，但已实际履行的，合同仍然有效。
四、建议与注意事项
确保盖章行为的真实性、合法性和权限：
- 在签订合同时，应确保盖章行为是真实、合法的，且盖章主体具有相应的权限。避免使用伪造、变造或已作废的印章。
审查合同内容的合法性：
- 在签订合同前，应仔细审查合同内容，确保其不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗。
保留相关证据：
- 在合同签订和履行过程中，应保留好相关证据，如合同文本、盖章记录、履行凭证等。这些证据在后续可能发生的纠纷中具有重要的证明作用。
及时咨询：
- 对于合同盖章过程中可能出现的任何问题或疑虑，都可以直接向我咨询。我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
综上所述，合同后来盖章的效力取决于多种因素的综合考量。在签订合同时，务必谨慎操作并遵循相关法律法规和合同约定，以确保合同的合法性和有效性。